Genes para la resiliencia al covid-19: identificación de marcadores de ADN correspondientes a la resistencia y susceptibilidad al coronavirus.
Los coronavirus (CoVs) (orden Nidovirales, familia Coronaviridae, subfamilia Coronavirinae) son responsables de brotes de enfermedades respiratorias en muchas especies de vertebrados. Son una gran familia de virus envueltos de ARN de cadena simple (+ssRNA) que pueden ser aislados en diferentes especies animales. Tienen tamaños de genoma que varían entre 26 y 32 kilobases (kb) de longitud, siendo los genomas más grandes de los virus de ARN (lo que aumenta la efectividad de las mascarillas). COVID-19, también conocido como coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2), o "nuevo coronavirus 2019", es un nuevo virus y apenas estamos comenzando a entender la resistencia y la susceptibilidad en los humanos.
COVID-19 es similar al síndrome respiratorio agudo severo (SARS) en el sentido de que ambos virus infectan a sus huéspedes humanos a través del mismo receptor, el enzima convertidora de angiotensina 2 (receptor ACE2), y causan características clínicas y patológicas similares. Curiosamente, la proteína de pico, que es responsable de la unión al receptor, es altamente similar entre 2019-nCoV y SARS-CoV, lo que es resultado de una selección significativa para el mismo receptor (Wu., 2020). La investigación sobre cómo nuestros cuerpos se defienden contra el SARS podría revelar cómo nuestros cuerpos podrían defenderse contra el COVID-19.
Varios estudios recientes de asociación del genoma completo (GWAS) han proporcionado una visión mucho más profunda sobre las variaciones genéticas que pueden ayudar a explicar por qué algunos individuos son prácticamente inmunes al COVID-19, mientras que para otros el virus es potencialmente mortal o incluso fatal.
En esta publicación, ofrecemos una revisión de la literatura revisada por pares y presentamos información sobre los genes candidatos para la resistencia al SARS-CoV. Si has realizado una prueba de ADN en casa, como las disponibles en 23andMe, Ancestry DNA o Dante Labs, puedes evaluar tus datos de ADN en bruto y ver cómo se compara tu secuencia de ADN con los hallazgos de la investigación.
¿Cómo analizar tu ADN para resistencia o susceptibilidad al coronavirus?
Paso 1) Descarga tu archivo de ADN autosómico crudo y guárdalo en un lugar seguro
Para analizar tus datos de ADN, comienza descargando tu ADN autosómico crudo y guárdalo en un lugar seguro. Aquí tienes instrucciones para descargar tu archivo de ADN crudo desde: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.
Paso 2) Analiza tu archivo de ADN crudo
Busca tus datos de ADN en bruto utilizando un editor de texto como "Text Wrangler" o "Notepad" usando la función "buscar" o mediante la línea de comandos.
Abre tu archivo de ADN en bruto y notarás los encabezados de ID SNP único (rs# o i#), cromosoma, posición y genotipo. Los formatos difieren ligeramente entre cada empresa de pruebas de ADN directa al consumidor.
Para evaluar tu riesgo de una mala recuperación del COVID-19, busca estos marcadores de ADN descritos a continuación:
Se publicaron recientemente varios estudios de asociación del genoma completo (GWAS) que describen loci asociados con falla respiratoria en pacientes infectados con SARS-CoV-2, y tres estudios identificaron marcadores SNP en el mismo segmento genómico de aproximadamente 50 kb que se hereda de los neandertales.
(Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). Además, estos estudios de GWAS también identificaron una serie de otros marcadores de ADN que están asociados con COVID-19, y cada uno de ellos se presenta en la tabla a continuación.Además, otros marcadores de ADN cubiertos en esta publicación incluyen rs4804803, que se asoció con el SARS, y aquellos posicionados en el receptor de la enzima convertidora de angiotensina-2 (ACE2), que se ha demostrado que es el mismo receptor para el coronavirus respiratorio humano NL63, el coronavirus del SARS (SARS-CoV) y el nuevo coronavirus 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Dado que la proteína de espiga del coronavirus ha evolucionado para coincidir con el receptor ACE2, es probable que los individuos con variaciones que alteran la secuencia de la proteína resulten en un grado de resistencia al covid-19. A continuación se presentan SNPs no sinónimos del transcrito de ACE2 NM_021804.2, y de particular interés son los SNPs que causan cambios importantes como rs199951323, que resulta en un codón de parada prematuro.
| Gene" Gene | dbsnp | Cromosoma (GRCh37) | POS | REF | ALT | Alelos de Riesgo | Efecto de marcador | Referencia |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| IVNS1ABP | rs6668622 | 1 | 185414582 | T | C | Variante susceptible T:T y T:C en hombress | Relación de probabilidades 1.44 | Roberts., 2020; |
| SRRM1 | rs111972040 | 1 | 24999361 | A | G | Los genotipos de riesgo G:G y A:G, variante de 3_prime_UTR. | Razón de probabilidades para hospitalización = 8.29 | |
| LZTFL1 | rs35044562 | 3 | 45909024 | A | G | Genotipos de riesgo G:G y A:G, variante intronal, variante transcripcional upstream génica. | odds ratio 1.60 | Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo |
| LZTFL1 | rs11385942 | 3 | 45876460 | A | - or A or AAA | InDel, A:A and A:- Tienen mayor susceptibilidad a la insuficiencia respiratoria, variante intronal. | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| LZTFL1 | rs10490770 *LD with rs11385942 | 3 | 45864732 | T | C | Los genotipos de riesgo T:C y C:C, variante intronal. | Razón de probabilidades para portadores heterocigotos 1.7 | Zeberg and Pääbo., 2020; |
| LZTFL1 | rs67959919 *LD with rs11385942 | 3 | 45871908 | G | A | Los genotipos de riesgo G:A y A:A, variante intronal. | Razón de probabilidades para portadores heterocigotos 1.7 | |
| LZTFL1 | rs35624553 *LD with rs11385942 | 3 | 45867440 | A | G | Los genotipos de riesgo G:A y G:G, variante intronal. | Razón de probabilidades para portadores heterocigotos 1.7 | |
| LZTFL1 | rs71325088 *LD with rs11385942 | 3 | 45862952 | T | C | Los genotipos de riesgo C:T y C:C, variante intronal. | Razón de probabilidades para portadores heterocigotos 1.7 | |
| ABO | rs657152 | 9 | 136139265 | A | C or T | Una alelo de riesgo, variante intronal | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| Intergenic | rs5798227 | 12 | 53120100 | C | - | El alelo de riesgo es la eliminación | p = 2.2x10-7 | Blokland et al., 2020; |
| IGHV3-7 | rs11844522 | 14 | 106522576 | C | T | Variaciones susceptibles T:T, C:T | p=1.9x10-7 | |
| Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) | rs73166864 | 22 | 23340580 | T | C or G | Variaciones susceptibles T:T y T:C | odds ratio 1.7 | Roberts., 2020; |
| TLR7 | rs200553089 | ChrX | 12906010 | G | T | Los genotipos de riesgo T:G y T:T, variante de sentido literal. | Made et al., 2020; | |
| SNPs sinónimos ubicados en ACE2 | ||||||||
| ACE2 | rs373153165 | chrX | 15580093 | C | T or A | Variante missense | p.Asp785Asn/c.2353G>A | Cao et al., 2020 |
| ACE2 | rs140016715 | chrX | 15582154 | G | A | Variante missense | p.Arg768Trp/c.2302C>T | |
| ACE2 | rs147311723 | chrX | 15582265 | G | A | Variante missense | p.Leu731Phe/c.2191C>T | |
| ACE2 | rs41303171 | chrX | 15582298 | T | C | Variante missense | p.Asn720Asp/c.2158A>G | |
| ACE2 | rs370187012 | chrX | 15582327 | C | T | Variante missense | p.Arg710His/c.2129G>A | |
| ACE2 | rs776995986 | chrX | 15582334 | G | A | Variante missense | p.Arg708Trp/c.2122C>T | |
| ACE2 | rs149039346 | chrX | 15584416 | A | G | Variante missense | p.Ser692Pro/c.2074T>C | |
| ACE2 | rs200180615 | chrX | 15584488 | C | T | Variante missense | p.Glu668Lys/c.2002G>A | |
| ACE2 | * |
chrX | 15585879 | A | C | stop_gained | p.Leu656*/c.1967T>G | |
| ACE2 | rs183135788 | chrX | 15585933 | T | C | Variante missense | p.Asn638Ser/c.1913A>G | |
| ACE2 | rs748163894 | chrX | 15588434 | G | A | Variante missense | ||
| ACE2 | rs202137736 | chrX | 15591485 | T | C | Variante de región de splice + variante de intron. | c.1541+5A>G | |
| ACE2 | rs140473595 | chrX | 15591530 | C | T | Variante missense | p.Ala501Thr/c.1501G>A | |
| ACE2 | rs191860450 | chrX | 15593829 | T | C | Variante missense | p.Ile468Val/c.1402A>G | |
| ACE2 | rs758142853 | chrX | 15609868 | A | G | Variante missense | p.Val184Ala/c.551T>C | |
| ACE2 | rs754511501 | chrX | 15609902 | C | T | Variante missense | p.Gly173Ser/c.517G>A | |
| ACE2 | rs746034076 | chrX | 15609943 | T | C | Variante missense | p.Asn159Ser/c.476A>G | |
| ACE2 | rs373252182 | chrX | 15609973 | T | C | Variante missense | p.Asn149Ser/c.446A>G | |
| ACE2 | rs2285666 | chrX | 15610348 | C | T | Variante de región de splice + variante de intron. | c.439+4G>A | |
| ACE2 | rs768736934 | chrX | 15612963 | C | T | Variante de región de splice + variante de intron. | c.345+5G>A | |
| ACE2 | rs4646116 | chrX | 15618958 | T | C | Variante missense | p.Lys26Arg/c.77A>G | |
| ACE2 | rs73635825 | chrX | 15618980 | A | G | Variante missense | p.Ser19Pro/c.55T>C | |
| SNPs asociados con SARS | ||||||||
| CD209 | rs4804803 | 19 | 7812733 | A | G | Genotipo susceptible A:A, variante de transcripto upstream. | NC_000019.10:7747846 | Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010 |
