Gènes pour la résilience au covid-19 : identification des marqueurs ADN correspondants à la résistance au coronavirus et susceptibilité

Dr. Timothy Sexton

Coronavirus_Genetic_Markers


Coronavirus (CoV) (ordre Nidovirales, famille Coronaviridae, sous-famille Coronavirinae) sont responsables pour les épidémies de maladies respiratoires dans de nombreux espèces de vertébrés. C'est une grande famille de célibataires-virus enveloppés d'ARN brin (+ssRNA) qui peuvent être isolé dans différentes espèces animales. Ils ont tailles de génome comprises entre 26 et 32 ​​kilobases (ko) de longueur, étant les plus grands génomes pour l'ARN virus (augmentant ainsi l'efficacité de masques). COVID-19 également connu sous le nom d'aiguë sévère coronavirus du syndrome respiratoire 2 (SARS-CoV-2), ou "roman coronavirus 2019" est un nouveau virus


Le COVID-19 est similaire au syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) dans le respect que les deux virus infecter leurs hôtes humains via le même récepteur, l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (récepteur ACE2), et provoquer des symptômes cliniques et caractéristiques pathologiques. Fait intéressant, la protéine de pointe qui est responsable de la liaison au récepteur est hautement similaire entre 2019-nCoV et SARS-CoV, c'est un résultat de sélection significative pour le même récepteur (Wu., 2020). Recherche sur comment nos corps se défendent contre le SRAS pourraient révéler comment nos corps pourraient se défendre contre covid-19.


Plusieurs récents Genome Wide Les études d'association (GWAS) ont fourni une analyse beaucoup plus approfondie aperçu de les variations génétiques qui peuvent aider à expliquer pourquoi certaines personnes sont virtuellement non affecté par COVID-19, et pour d'autres le virus c'est menaçant la vie ou même mortel.

Dans cet article, nous fournissons une revue de la littérature évaluée par des pairs et présent informations sur les gènes candidats pour Résistance au SARS-CoV. Si vous avez fait un test ADN à domicile comme ceux disponibles chez 23andMe, Ancestry ADN, laboratoires Dante, vous pouvez évaluer vos données ADN brutes et voir comment votre séquence d'ADN se compare à la résultats de recherche.


Comment analyser votre ADN pour la résistance ou la sensibilité aux coronavirus?


Étape 1) Téléchargez votre fichier d'ADN autosomique brut et enregistrez-le dans un coffre-fort et sécurisé lieu

Pour analyser vos données ADN, commencez par téléchargez votre ADN autosomique brut et enregistrez-le dans un endroit sûr. Voici les instructions pour télécharger votre fichier ADN brut de : 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.


Étape 2) Analysez votre fichier d'ADN brut


Recherchez vos données ADN brutes à l'aide d'un éditeur de texte tel que "text wrangler" ou "bloc-notes" en utilisant "trouver" ou en utilisant la ligne de commande.

Ouvrez votre fichier d'ADN brut et vous remarquez les en-têtes de l'identifiant SNP unique (rs# ou i#), chromosome, position et génotype. Le les formats diffèrent légèrement entre chaque direct à l'ADN du consommateur société de test.


Pour évaluer votre risque de pauvreté récupération du COVID-19, jetez un œil à ceux-ci Marqueurs ADN décrit ci-dessous :

Plusieurs études d'association à l'échelle du génome (GWAS) ont été récemment publiés qui décrivent lieux associés avec insuffisance respiratoire chez les patients infecté par le SARS-CoV-2 et trois études ont identifié des marqueurs SNP dans le même segment génomique d'environ 50 kb qui est hérité de Néandertaliens (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). De plus, ces études GWAS ont également identifié un certain nombre d'autres ADN marqueurs qui sont associés au COVID-19, et chaque d'entre eux sont présentés dans le tableau ci-dessous.


De plus, d'autres marqueurs ADN couverts dans cet article incluent rs4804803 qui était associé au SRAS, et ceux positionnés dans l'angiotensine-récepteur de l'enzyme de conversion-2 (ACE2) qui s'est avéré être le même récepteur pour le respiratoire humain coronavirus NL63, , SARS-coronavirus (SRAS-CoV), et le nouveau coronavirus 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et autres, 2017 ; Lu et al., 2019). Depuis le pic la protéine du coronavirus a évolué vers correspond à l'ACE2 récepteur, il est probable que les individus avec des variations qui altèrent la protéine la séquence entraînerait un degré de résistance au covid-19. Vous trouverez ci-dessous des SNP non synonymes du Transcription ACE2 NM_021804.2 et de particulier l'intérêt sont les SNP qui provoquent des changements majeurs comme rs199951323 qui entraîne un prématuré codon d'arrêt.


Gène dbsnp Chromosome (GRCh37) POS REF ALT Allèles à risque Effet marqueur Référence
IVNS1ABP rs6668622 1 185414582 T C Variante sensible T:T et T:C chez l'hommes rapport de cotes 1,44 Roberts., 2020;
SRRM1 rs111972040 1 24999361 A G génotypes à risque G:G et A:G, 3_prime_UTR_variant rapport de cotes pour l'hospitalisation = 8,29
LZTFL1 rs35044562 3 45909024 A G génotypes à risque G:G et A:G, intron_variant,genic_upstream_transcript_variant odds ratio 1.60 Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo
LZTFL1 rs11385942 3 45876460 A - or A or AAA InDel, A:A and A:- ont une plus grande susceptibilité à l'insuffisance respiratoire, intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
LZTFL1 rs10490770 *LD with rs11385942 3 45864732 T C génotypes à risque T:C et C:C, intron_variant rapport de cotes pour les porteurs hétérozygotes 1,7 Zeberg and Pääbo., 2020;
LZTFL1 rs67959919 *LD with rs11385942 3 45871908 G A génotypes à risque G:A et A:A, intron_variant rapport de cotes pour les porteurs hétérozygotes 1,7
LZTFL1 rs35624553 *LD with rs11385942 3 45867440 A G génotypes à risque G:A et G:G, intron_variant rapport de cotes pour les porteurs hétérozygotes 1,7
LZTFL1 rs71325088 *LD with rs11385942 3 45862952 T C génotypes à risque C:T et C:C, intron_variant rapport de cotes pour les porteurs hétérozygotes 1,7
ABO rs657152 9 136139265 A C or T Un allèle à risque, intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
Intergenic rs5798227 12 53120100 C - L'allèle à risque est la délétion p = 2.2x10-7 Blokland et al., 2020;
IGHV3-7 rs11844522 14 106522576 C T Variations sensibles T:T, C:T p=1.9x10-7
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) rs73166864 22 23340580 T C or G Variations sensibles T:T, T:C odds ratio 1.7 Roberts., 2020;
TLR7 rs200553089 ChrX 12906010 G T génotypes à risque T:G et T:T, faux-sens_variant Made et al., 2020;
SNP synonymes positionnés dans ACE2
ACE2 rs373153165 chrX 15580093 C T or A faux-sens_variant p.Asp785Asn/c.2353G>A Cao et al., 2020
ACE2 rs140016715 chrX 15582154 G A faux-sens_variant p.Arg768Trp/c.2302C>T
ACE2 rs147311723 chrX 15582265 G A faux-sens_variant p.Leu731Phe/c.2191C>T
ACE2 rs41303171 chrX 15582298 T C faux-sens_variant p.Asn720Asp/c.2158A>G
ACE2 rs370187012 chrX 15582327 C T faux-sens_variant p.Arg710His/c.2129G>A
ACE2 rs776995986 chrX 15582334 G A faux-sens_variant p.Arg708Trp/c.2122C>T
ACE2 rs149039346 chrX 15584416 A G faux-sens_variant p.Ser692Pro/c.2074T>C
ACE2 rs200180615 chrX 15584488 C T faux-sens_variant p.Glu668Lys/c.2002G>A
ACE2 *rs199951323 chrX 15585879 A C stop_gained p.Leu656*/c.1967T>G
ACE2 rs183135788 chrX 15585933 T C faux-sens_variant p.Asn638Ser/c.1913A>G
ACE2 rs748163894 chrX 15588434 G A faux-sens_variant
ACE2 rs202137736 chrX 15591485 T C splice_region_variant+intron_variant c.1541+5A>G
ACE2 rs140473595 chrX 15591530 C T faux-sens_variant p.Ala501Thr/c.1501G>A
ACE2 rs191860450 chrX 15593829 T C faux-sens_variant p.Ile468Val/c.1402A>G
ACE2 rs758142853 chrX 15609868 A G faux-sens_variant p.Val184Ala/c.551T>C
ACE2 rs754511501 chrX 15609902 C T faux-sens_variant p.Gly173Ser/c.517G>A
ACE2 rs746034076 chrX 15609943 T C faux-sens_variant p.Asn159Ser/c.476A>G
ACE2 rs373252182 chrX 15609973 T C faux-sens_variant p.Asn149Ser/c.446A>G
ACE2 rs2285666 chrX 15610348 C T splice_region_variant+intron_variant c.439+4G>A
ACE2 rs768736934 chrX 15612963 C T splice_region_variant+intron_variant c.345+5G>A
ACE2 rs4646116 chrX 15618958 T C faux-sens_variant p.Lys26Arg/c.77A>G
ACE2 rs73635825 chrX 15618980 A G faux-sens_variant p.Ser19Pro/c.55T>C
SNP associés au SRAS
CD209 rs4804803 19 7812733 A G Génotype sensible A : A, variante de transcription_amont NC_000019.10:7747846 Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010

Une observation intéressante à noter est que le gène ACE2 est positionné sur le chromosome X, ce qui signifie que les hommes n'hériteront que d'un seul exemplaire de ce gène. La diversité supplémentaire apportée par le femelles 2ème copie du gène ACE2 sur leur 2ème X le chromosome pourrait en partie aider à expliquer pourquoi les femmes sont moins nombreuses sensible au covid-19.


Étape 3) Comparez votre génotype/SNP avec des résultats de recherche supplémentaires

Il existe une multitude de ressources décrivant les informations relatives à ce Extraire SNP dbSNP et SNPedia


dbSNP

dbSNP contient humain célibataire variations de nucléotides, microsatellites, et insertions et suppressions à petite échelle avec publication, fréquence de population, conséquence moléculaire, et informations de cartographie génomique et RefSeq pour tous deux communs variations et mutations cliniques.


SNPpedia

SNPedia est un wiki enquêtant sur la génétique humaine. Ils partagent informations sur les effets des variations de l'ADN, citant publications scientifiques à comité de lecture. Il est utilisé par Promethease pour créer un rapport personnel lier votre Des variations ADN aux informations publiées à propos d'eux.



**Si vous êtes préoccupé par tout ce que vous voyez dans vos résultats ADN, s'il vous plaît parlez à votre médecin, ou conseiller en génétique




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