Gene für Covid-19-Resilienz: Identifizierung entsprechender DNA-Marker zur Coronavirus-Resistenz und Anfälligkeit

Coronaviren (CoVs) (Ordnung Nidovirales, Familie Coronaviridae)i>,
Unterfamilie
Coronavirinae) sind verantwortlich für Ausbrüche von Atemwegserkrankungen in vielen
Wirbeltierart.
Sie sind eine große Familie von Single-strängige RNA-umhüllte Viren (+ssRNA), die
isoliert sein in
verschiedene Tierarten. Sie haben Genomgrößen zwischen 26 und 32 Kilobasen
(kb) lang,
die größten Genome für RNA Viren (dadurch Steigerung der Wirksamkeit
von Gesichtsmasken).
COVID-19 auch als schwer akut bekanntAtemwegssyndrom Coronavirus 2 (SARS-CoV-2),
oder "Roman
Coronavirus 2019" ist ein neuer Virus
und wir fangen gerade erst an zu verstehen Resistenz und Anfälligkeit beim Menschen.
COVID-19 ähnelt dem schweren akuten respiratorischen Syndrom (SARS) in der Respekt
dass beide Viren
ihre menschlichen Wirte über dasselbe infizierenRezeptor, das Angiotensin-Converting-Enzym 2
(ACE2-Rezeptor),
und verursachen ähnliche klinische und pathologische Merkmale.
Interessanterweise das Spike-Protein, das verantwortlich für die Rezeptorbindung ist hoch
ähnlich zwischen
2019-nCoV und SARS-CoV, das ist ein Ergebnis von bedeutender Auswahl für dasselbe
Rezeptor (Wu.,
2020). Untersuchen Sie, wie
Unser Körper könnte sich gegen SARS wehrenenthüllen, wie sich unser Körper gegen
wehren könnte covid-19.
Mehrere aktuelle Genome Wide Association Studies (GWAS) haben einen viel tieferen
Einblick in
die genetischen Variationen, die helfen können erklären Sie, warum manche Personen virtuell sind
nicht betroffen von
COVID-19, und für andere ist das Virus Lebensbedrohlich oder sogar tödlich.
In diesem Beitrag bieten wir einen Überblick über die Peer-Review-Literatur und präsent Informationen über Kandidatengene für SARS-CoV-Resistenz. Wenn Sie zu Hause einen DNA-Test gemacht haben wie die von 23andMe, Ancestry erhältlichen DNA, Dante-Labore, Sie können Ihre DNA-Rohdaten auswerten und sehen wie Ihre DNA-Sequenz im Vergleich zum Studienergebnisse.
So analysieren Sie Ihre DNA auf Coronavirus-Resistenz oder -Empfindlichkeit?
Schritt 1) Laden Sie Ihre autosomale DNA-Rohdatei herunter und speichern Sie sie auf einem sicheren und sicher Standort
Um Ihre DNA-Daten zu analysieren, beginnen Sie mit Herunterladen Ihrer rohen autosomalen DNA und Speichern unter ein sicherer Ort. Hier sind Anweisungen zum Herunterladen Ihres Roh-DNA-Datei von: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.
Schritt 2) Analysieren Sie Ihre DNA-Rohdatei
Durchsuchen Sie Ihre DNA-Rohdaten mit einem Texteditor wie "text wrangler" oder "Notizblock" mit dem "Suchen" -Funktion oder über die Befehlszeile.
Öffnen Sie Ihre DNA-Rohdatei und Sie werden Beachten Sie die Kopfzeilen der eindeutigen SNP-ID (rs# oder i#), Chromosom, Position und Genotyp. Die Formate unterscheiden sich leicht zwischen den einzelnen Direct zur Verbraucher-DNA Testunternehmen.
Um Ihr Risiko einer Verschlechterung zu bewerten Genesung von COVID-19, sieh dir diese an DNA-Marker unten beschrieben:
Mehrere genomweite Assoziationsstudie (GWAS) wurden kürzlich veröffentlicht, die beschreiben Loci zugeordnet mit respiratorischer Insuffizienz bei Patienten mit SARS-CoV-2 infiziert und drei Studien identifizierten SNP-Marker im gleichen ~50 kb genomischen Segment, das ist geerbt von Neandertaler (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). Zusätzlich identifizierten diese GWAS-Studien auch eine Reihe anderer DNA Marker, die sind mit COVID-19 verbunden, und jeder Davon sind in der folgenden Tabelle dargestellt.
Außerdem gehören zu den anderen in diesem Beitrag behandelten DNA-Markern rs4804803 was war im Zusammenhang mit SARS, und diejenigen, die in der Angiotensin-Converting-Enzyme-2 (ACE2)-Rezeptor, der erwies sich als das gleicher Rezeptor für die menschliche AtmungCoronavirus NL63, , SARS-Coronavirus (SARS-CoV), und das neuartige Coronavirus 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Seit der Spitze Protein des Coronavirus hat sich zu entwickelt mit ACE2 übereinstimmen Rezeptor, es ist wahrscheinlich, dass Einzelpersonen mit Variationen, die das Protein verändern Folge würde zu führen ein gewisses Maß an Widerstand gegen Covid-19. Nachfolgend sind nicht-synonyme SNPs aus dem ACE2 Transkript NM_021804.2 und insbesondere Interesse sind SNPs die große Veränderungen bewirken wie rs199951323 was zu einer vorzeitigen Stoppcodon.
Gen | dbsnp | Chromosom (GRCh37) | POS | REF | ALT | Risiko-Allele | Marker-Effekt | Referenz |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
IVNS1ABP | rs6668622 | 1 | 185414582 | T | C | Anfällige Variante T:T und T:C bei Männchens | Quotenverhältnis 1,44 | Roberts., 2020; |
SRRM1 | rs111972040 | 1 | 24999361 | A | G | Risikogenotypen G:G und A:G, 3_prime_UTR_variant | Odds Ratio für einen Krankenhausaufenthalt = 8,29 | |
LZTFL1 | rs35044562 | 3 | 45909024 | A | G | Risikogenotypen G:G und A:G, intron_variant,genic_upstream_transcript_variant | odds ratio 1.60 | Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo |
LZTFL1 | rs11385942 | 3 | 45876460 | A | - or A or AAA | InDel, A:A and A:- haben eine höhere Anfälligkeit für respiratorische Insuffizienz, intron_variant | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
LZTFL1 | rs10490770 *LD with rs11385942 | 3 | 45864732 | T | C | Risikogenotypen T:C und C:C, intron_variant | Odds Ratio für heterozygote Träger 1.7 | Zeberg and Pääbo., 2020; |
LZTFL1 | rs67959919 *LD with rs11385942 | 3 | 45871908 | G | A | Risikogenotypen G:A und A:A, Intron_Variante | Odds Ratio für heterozygote Träger 1.7 | |
LZTFL1 | rs35624553 *LD with rs11385942 | 3 | 45867440 | A | G | Risikogenotypen G:A und G:G, Intron_Variante | Odds Ratio für heterozygote Träger 1.7 | |
LZTFL1 | rs71325088 *LD with rs11385942 | 3 | 45862952 | T | C | Risikogenotypen C:T und C:C, Intron_Variante | Odds Ratio für heterozygote Träger 1.7 | |
ABO | rs657152 | 9 | 136139265 | A | C or T | Ein Risikoallel, intron_variant | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
Intergenic | rs5798227 | 12 | 53120100 | C | - | Risikoallel ist die Löschung | p = 2.2x10-7 | Blokland et al., 2020; |
IGHV3-7 | rs11844522 | 14 | 106522576 | C | T | Anfällige Variationen T:T, C:T | p=1.9x10-7 | |
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) | rs73166864 | 22 | 23340580 | T | C or G | Anfällige Variationen T:T, T:C | odds ratio 1.7 | Roberts., 2020; |
TLR7 | rs200553089 | ChrX | 12906010 | G | T | Risikogenotypen T:G und T:T, missense_variant | Made et al., 2020; | |
Synonyme SNPs in ACE2 positioniert | ||||||||
ACE2 | rs373153165 | chrX | 15580093 | C | T or A | missense_variante | p.Asp785Asn/c.2353G>A | Cao et al., 2020 |
ACE2 | rs140016715 | chrX | 15582154 | G | A | missense_variante | p.Arg768Trp/c.2302C>T | |
ACE2 | rs147311723 | chrX | 15582265 | G | A | missense_variante | p.Leu731Phe/c.2191C>T | |
ACE2 | rs41303171 | chrX | 15582298 | T | C | missense_variante | p.Asn720Asp/c.2158A>G | |
ACE2 | rs370187012 | chrX | 15582327 | C | T | missense_variante | p.Arg710His/c.2129G>A | |
ACE2 | rs776995986 | chrX | 15582334 | G | A | missense_variante | p.Arg708Trp/c.2122C>T | |
ACE2 | rs149039346 | chrX | 15584416 | A | G | missense_variante | p.Ser692Pro/c.2074T>C | |
ACE2 | rs200180615 | chrX | 15584488 | C | T | missense_variante | p.Glu668Lys/c.2002G>A | |
ACE2 | * |
chrX | 15585879 | A | C | stop_gained | p.Leu656*/c.1967T>G | |
ACE2 | rs183135788 | chrX | 15585933 | T | C | missense_variante | p.Asn638Ser/c.1913A>G | |
ACE2 | rs748163894 | chrX | 15588434 | G | A | missense_variante | ||
ACE2 | rs202137736 | chrX | 15591485 | T | C | splice_region_variant+intron_variant | c.1541+5A>G | |
ACE2 | rs140473595 | chrX | 15591530 | C | T | missense_variante | p.Ala501Thr/c.1501G>A | |
ACE2 | rs191860450 | chrX | 15593829 | T | C | missense_variante | p.Ile468Val/c.1402A>G | |
ACE2 | rs758142853 | chrX | 15609868 | A | G | missense_variante | p.Val184Ala/c.551T>C | |
ACE2 | rs754511501 | chrX | 15609902 | C | T | missense_variante | p.Gly173Ser/c.517G>A | |
ACE2 | rs746034076 | chrX | 15609943 | T | C | missense_variante | p.Asn159Ser/c.476A>G | |
ACE2 | rs373252182 | chrX | 15609973 | T | C | missense_variante | p.Asn149Ser/c.446A>G | |
ACE2 | rs2285666 | chrX | 15610348 | C | T | splice_region_variant+intron_variant | c.439+4G>A | |
ACE2 | rs768736934 | chrX | 15612963 | C | T | splice_region_variant+intron_variant | c.345+5G>A | |
ACE2 | rs4646116 | chrX | 15618958 | T | C | missense_variante | p.Lys26Arg/c.77A>G | |
ACE2 | rs73635825 | chrX | 15618980 | A | G | missense_variante | p.Ser19Pro/c.55T>C | |
SNPs im Zusammenhang mit SARS | ||||||||
CD209 | rs4804803 | 19 | 7812733 | A | G | Anfälliger Genotyp A:A, upstream_transcript_variant | NC_000019.10:7747846 | Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010 |