Gene für Covid-19-Resilienz: Identifizierung entsprechender DNA-Marker zur Coronavirus-Resistenz und Anfälligkeit

Dr. Timothy Sexton

Coronavirus_Genetic_Markers


Coronaviren (CoVs) (Ordnung Nidovirales, Familie Coronaviridae, Unterfamilie Coronavirinae) sind verantwortlich für Ausbrüche von Atemwegserkrankungen in vielen Wirbeltierart. Sie sind eine große Familie von Single-strängige RNA-umhüllte Viren (+ssRNA), die isoliert sein in verschiedene Tierarten. Sie haben Genomgrößen zwischen 26 und 32 Kilobasen (kb) lang, die größten Genome für RNA Viren (dadurch Steigerung der Wirksamkeit von Gesichtsmasken). COVID-19 auch als schwer akut bekanntAtemwegssyndrom Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), oder "Roman Coronavirus 2019" ist ein neuer Virus und wir fangen gerade erst an zu verstehen Resistenz und Anfälligkeit beim Menschen.


COVID-19 ähnelt dem schweren akuten respiratorischen Syndrom (SARS) in der Respekt dass beide Viren ihre menschlichen Wirte über dasselbe infizierenRezeptor, das Angiotensin-Converting-Enzym 2 (ACE2-Rezeptor), und verursachen ähnliche klinische und pathologische Merkmale. Interessanterweise das Spike-Protein, das verantwortlich für die Rezeptorbindung ist hoch ähnlich zwischen 2019-nCoV und SARS-CoV, das ist ein Ergebnis von bedeutender Auswahl für dasselbe Rezeptor (Wu., 2020). Untersuchen Sie, wie Unser Körper könnte sich gegen SARS wehrenenthüllen, wie sich unser Körper gegen wehren könnte covid-19.


Mehrere aktuelle Genome Wide Association Studies (GWAS) haben einen viel tieferen Einblick in die genetischen Variationen, die helfen können erklären Sie, warum manche Personen virtuell sind nicht betroffen von COVID-19, und für andere ist das Virus Lebensbedrohlich oder sogar tödlich.

In diesem Beitrag bieten wir einen Überblick über die Peer-Review-Literatur und präsent Informationen über Kandidatengene für SARS-CoV-Resistenz. Wenn Sie zu Hause einen DNA-Test gemacht haben wie die von 23andMe, Ancestry erhältlichen DNA, Dante-Labore, Sie können Ihre DNA-Rohdaten auswerten und sehen wie Ihre DNA-Sequenz im Vergleich zum Studienergebnisse.


So analysieren Sie Ihre DNA auf Coronavirus-Resistenz oder -Empfindlichkeit?


Schritt 1) ​​Laden Sie Ihre autosomale DNA-Rohdatei herunter und speichern Sie sie auf einem sicheren und sicher Standort

Um Ihre DNA-Daten zu analysieren, beginnen Sie mit Herunterladen Ihrer rohen autosomalen DNA und Speichern unter ein sicherer Ort. Hier sind Anweisungen zum Herunterladen Ihres Roh-DNA-Datei von: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.


Schritt 2) Analysieren Sie Ihre DNA-Rohdatei


Durchsuchen Sie Ihre DNA-Rohdaten mit einem Texteditor wie "text wrangler" oder "Notizblock" mit dem "Suchen" -Funktion oder über die Befehlszeile.

Öffnen Sie Ihre DNA-Rohdatei und Sie werden Beachten Sie die Kopfzeilen der eindeutigen SNP-ID (rs# oder i#), Chromosom, Position und Genotyp. Die Formate unterscheiden sich leicht zwischen den einzelnen Direct zur Verbraucher-DNA Testunternehmen.


Um Ihr Risiko einer Verschlechterung zu bewerten Genesung von COVID-19, sieh dir diese an DNA-Marker unten beschrieben:

Mehrere genomweite Assoziationsstudie (GWAS) wurden kürzlich veröffentlicht, die beschreiben Loci zugeordnet mit respiratorischer Insuffizienz bei Patienten mit SARS-CoV-2 infiziert und drei Studien identifizierten SNP-Marker im gleichen ~50 kb genomischen Segment, das ist geerbt von Neandertaler (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). Zusätzlich identifizierten diese GWAS-Studien auch eine Reihe anderer DNA Marker, die sind mit COVID-19 verbunden, und jeder Davon sind in der folgenden Tabelle dargestellt.


Außerdem gehören zu den anderen in diesem Beitrag behandelten DNA-Markern rs4804803 was war im Zusammenhang mit SARS, und diejenigen, die in der Angiotensin-Converting-Enzyme-2 (ACE2)-Rezeptor, der erwies sich als das gleicher Rezeptor für die menschliche AtmungCoronavirus NL63, , SARS-Coronavirus (SARS-CoV), und das neuartige Coronavirus 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Seit der Spitze Protein des Coronavirus hat sich zu entwickelt mit ACE2 übereinstimmen Rezeptor, es ist wahrscheinlich, dass Einzelpersonen mit Variationen, die das Protein verändern Folge würde zu führen ein gewisses Maß an Widerstand gegen Covid-19. Nachfolgend sind nicht-synonyme SNPs aus dem ACE2 Transkript NM_021804.2 und insbesondere Interesse sind SNPs die große Veränderungen bewirken wie rs199951323 was zu einer vorzeitigen Stoppcodon.


Gen dbsnp Chromosom (GRCh37) POS REF ALT Risiko-Allele Marker-Effekt Referenz
IVNS1ABP rs6668622 1 185414582 T C Anfällige Variante T:T und T:C bei Männchens Quotenverhältnis 1,44 Roberts., 2020;
SRRM1 rs111972040 1 24999361 A G Risikogenotypen G:G und A:G, 3_prime_UTR_variant Odds Ratio für einen Krankenhausaufenthalt = 8,29
LZTFL1 rs35044562 3 45909024 A G Risikogenotypen G:G und A:G, intron_variant,genic_upstream_transcript_variant odds ratio 1.60 Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo
LZTFL1 rs11385942 3 45876460 A - or A or AAA InDel, A:A and A:- haben eine höhere Anfälligkeit für respiratorische Insuffizienz, intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
LZTFL1 rs10490770 *LD with rs11385942 3 45864732 T C Risikogenotypen T:C und C:C, intron_variant Odds Ratio für heterozygote Träger 1.7 Zeberg and Pääbo., 2020;
LZTFL1 rs67959919 *LD with rs11385942 3 45871908 G A Risikogenotypen G:A und A:A, Intron_Variante Odds Ratio für heterozygote Träger 1.7
LZTFL1 rs35624553 *LD with rs11385942 3 45867440 A G Risikogenotypen G:A und G:G, Intron_Variante Odds Ratio für heterozygote Träger 1.7
LZTFL1 rs71325088 *LD with rs11385942 3 45862952 T C Risikogenotypen C:T und C:C, Intron_Variante Odds Ratio für heterozygote Träger 1.7
ABO rs657152 9 136139265 A C or T Ein Risikoallel, intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
Intergenic rs5798227 12 53120100 C - Risikoallel ist die Löschung p = 2.2x10-7 Blokland et al., 2020;
IGHV3-7 rs11844522 14 106522576 C T Anfällige Variationen T:T, C:T p=1.9x10-7
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) rs73166864 22 23340580 T C or G Anfällige Variationen T:T, T:C odds ratio 1.7 Roberts., 2020;
TLR7 rs200553089 ChrX 12906010 G T Risikogenotypen T:G und T:T, missense_variant Made et al., 2020;
Synonyme SNPs in ACE2 positioniert
ACE2 rs373153165 chrX 15580093 C T or A missense_variante p.Asp785Asn/c.2353G>A Cao et al., 2020
ACE2 rs140016715 chrX 15582154 G A missense_variante p.Arg768Trp/c.2302C>T
ACE2 rs147311723 chrX 15582265 G A missense_variante p.Leu731Phe/c.2191C>T
ACE2 rs41303171 chrX 15582298 T C missense_variante p.Asn720Asp/c.2158A>G
ACE2 rs370187012 chrX 15582327 C T missense_variante p.Arg710His/c.2129G>A
ACE2 rs776995986 chrX 15582334 G A missense_variante p.Arg708Trp/c.2122C>T
ACE2 rs149039346 chrX 15584416 A G missense_variante p.Ser692Pro/c.2074T>C
ACE2 rs200180615 chrX 15584488 C T missense_variante p.Glu668Lys/c.2002G>A
ACE2 *rs199951323 chrX 15585879 A C stop_gained p.Leu656*/c.1967T>G
ACE2 rs183135788 chrX 15585933 T C missense_variante p.Asn638Ser/c.1913A>G
ACE2 rs748163894 chrX 15588434 G A missense_variante
ACE2 rs202137736 chrX 15591485 T C splice_region_variant+intron_variant c.1541+5A>G
ACE2 rs140473595 chrX 15591530 C T missense_variante p.Ala501Thr/c.1501G>A
ACE2 rs191860450 chrX 15593829 T C missense_variante p.Ile468Val/c.1402A>G
ACE2 rs758142853 chrX 15609868 A G missense_variante p.Val184Ala/c.551T>C
ACE2 rs754511501 chrX 15609902 C T missense_variante p.Gly173Ser/c.517G>A
ACE2 rs746034076 chrX 15609943 T C missense_variante p.Asn159Ser/c.476A>G
ACE2 rs373252182 chrX 15609973 T C missense_variante p.Asn149Ser/c.446A>G
ACE2 rs2285666 chrX 15610348 C T splice_region_variant+intron_variant c.439+4G>A
ACE2 rs768736934 chrX 15612963 C T splice_region_variant+intron_variant c.345+5G>A
ACE2 rs4646116 chrX 15618958 T C missense_variante p.Lys26Arg/c.77A>G
ACE2 rs73635825 chrX 15618980 A G missense_variante p.Ser19Pro/c.55T>C
SNPs im Zusammenhang mit SARS
CD209 rs4804803 19 7812733 A G Anfälliger Genotyp A:A, upstream_transcript_variant NC_000019.10:7747846 Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010

Eine interessante Beobachtung ist, dass das ACE2-Gen auf das X-Chromosom, was bedeutet, dass Männer nur eine Kopie von erben werdendieses Gen. Die zusätzliche Diversität, die durch das Weibchen 2. Kopie des ACE2-Gens auf ihrem 2. X Chromosom könnte teilweise erklären, warum Frauen weniger sind anfällig für Covid-19.


Schritt 3) Vergleichen Sie Ihren Genotyp/SNPs mit zusätzlichen Forschungsergebnissen

Es gibt eine Fülle von Ressourcen, die Informationen zu diesem Thema beschreibenSNP-Check-out dbSNP und SNPedia


dbSNP

dbSNP enthält menschlicher Single Nukleotidvariationen, Mikrosatelliten und kleine Einfügungen und Löschungen zusammen mit Veröffentlichung, Populationshäufigkeit, molekulare Konsequenz und Genom- und RefSeq-Mapping-Informationen für beides gemeinsam Variationen und klinische Mutationen.


SNPpedia

SNPedia ist ein Wiki Erforschung der Humangenetik. Sie teilen Informationen über die Auswirkungen von Variationen in der DNA, Zitieren peer-reviewed wissenschaftliche Veröffentlichungen. Es ist wird von Promethease verwendet, um einen persönlichen Bericht zu erstellen verlinke deine DNA-Variationen zu den veröffentlichten Informationenüber sie.



**Falls Sie sich Sorgen über irgendetwas machen, das Sie in Ihren DNA-Ergebnissen sehen, bitteSprich mit deinem Arzt oder Genetiker




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