ژن‌های مقاومت به کروناویروس: شناسایی نشانگرهای دینایی مربوط به مقاومت و حساسیت به کروناویروس
کروناویروس‌ها (CoVs) (دسته Nidovirales، خانواده Coronaviridae، زیرخانواده
Coronavirinae) مسئول بیماری‌های تنفسی در بسیاری از گونه‌های طیور هستند.
این یک خانواده بزرگ از ویروس‌های ریزه‌ای با پوسته ریزه‌ای یک رشته‌ای RNA (+ssRNA) است که می‌توان در
گونه‌های مختلف حیوانات جدا کرد. سایز ژنوم این ویروس‌ها بین 26 تا 32 کیلوبایس (kb) طول می‌کشد،
بزرگ‌ترین ژنوم برای ویروس‌های RNA (بنابراین افزایش موثری در اثربخشی ماسک‌ها).
COVID-19 نیز به عنوان سندرم شدید تنفسی سیندروم 2 (SARS-CoV-2) یا «ویروس کرونای جدید 2019» یک ویروس جدید است
و ما فقط در حال شروع به درک مقاومت و حساسیت در انسان‌ها هستیم.
COVID-19 و SARS به طور مشابه با استفاده از همان پیوندگر، یعنی فعال‌ساز انجیوتنسین-تبدیل کننده 2 (ACE2)، به همراه مشابه‌ترین پروتئین پیکر، که مسئول پیوند با پیوندگر است، به انسان‌ها می‌آیند و نشانه‌های بالینی و پاتولوژیکی مشابه‌ای را به دنبال دارد. با توجه به این که پروتئین پیکر بین 2019-nCoV و SARS-CoV بسیار مشابه است، از این رو نتایج انتخابی برای همان پیوندگر وجود دارد (Wu., 2020). با توجه به این که چگونه بدن ما در برابر SARS دفاع می‌کند، ممکن است بتواند به ما کمک کند تا به دفاع از covid-19 نیز بپردازیم.
چندین مطالعه GWAS اخیر نشان داده است که تشریح ژنتیکی که می‌تواند به ما کمک کند تا بدانیم چرا برخی از افراد تحت تاثیر COVID-19 نیستند و برای بقیه آن خطرناک یا حتی ممکن است تا حتی مرگبار باشد، بسیار عمیق‌تر شده است.
در این پست، ما یک مرور از مطالعات مروری همسالان و اطلاعاتی در مورد ژن‌های نامزد برای مقاومت به SARS-CoV ارائه می‌دهیم. اگر شما یک آزمایش DNA خانگی مانند آنهایی که توسط 23andMe، Ancestry DNA و Dante labs موجود است، انجام داده‌اید، می‌توانید داده‌های خام خود را ارزیابی کنید و ببینید چگونه ترکیب دنا منتخب شما با نتایج پژوهش مطابقت دارد.
چگونه می‌توانید دینا موجود در خود را برای مقاومت یا حساسیت به کروناویروس تجزیه و تحلیل کنید؟
قدم ۱) دانلود فایل DNA خود را به صورت خام و ذخیره آن در یک مکان ایمن و محافظت شده
برای تجزیه و تحلیل داده های DNA خود، ابتدا باید فایل DNA خام خود را دانلود کرده و آن را در یک مکان ایمن ذخیره کنید. در زیر دستورالعمل هایی برای دانلود فایل DNA خام خود از: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.
الخطوة 2) تحليل ملف الحمض النووي الخام الخاص بك
با استفاده از یک ویرایشگر متنی مانند "text wrangler" یا "notepad" با استفاده از کاربرد "find"، یا با استفاده از خط فرمان، داده های خام خود را جستجو کنید.
فایل خام خود را باز کنید و شما متوجه می شوید که سرصفحه های یکتای SNP ID (rs# یا i#)، کروموزوم، موقعیت و جنوت وجود دارد. فرمت ها بین هر شرکت آزمایش کردن داده های مستقیم به مشتری به طور کمی متفاوت است.
برای ارزیابی خطر احیای بد از COVID-19، نشانه های دینامیکی زیر را بررسی کنید:
چندین مطالعه کلوم وید اسسیوشن (GWAS) اخیراً منتشر شده است که نشانه هایی را توصیف می کنند که با شکست نفسی در بیماران مبتلا به SARS-CoV-2 مرتبط است و سه مطالعه در یک قطعه ژنومی ~50 کیلوبایتی که از نندرتال ها ارث برده می شود، نشانه های SNP را پیدا کرده اند. (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). در همچنین، این مطالعات GWAS نیز یک تعدادی از نشانگرهای DNA دیگری که مرتبط با COVID-19 هستند، را نیز شناسایی کردند، و هر کدام از آنها در جدول زیر نشان داده شده است.
علاوه بر این، نشانگرهای دیگری از DNA که در این پست پوشش داده شده‌اند، شامل rs4804803 است که با SARS مرتبط بود، و نشانگرهای قرار گرفته در گیرنده آنژیوتانسین تبدیل کننده-2 (ACE2) است که ثابت شده است که همان گیرنده برای کروناویروس تنفسی انسانی NL63، SARS-coronavirus (SARS-CoV) و کروناویروس جدید 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al.، 2017؛ Lu et al.، 2019) است. از آنجا که پروتئین اسپایک کروناویروس به گونه‌ای تکامل یافته است که با گیرنده ACE2 هماهنگ شود، احتمالاً افرادی با تغییراتی که توالی پروتئین را تغییر می‌دهند، مقاومتی در برابر کووید-19 ایجاد می‌کنند. در زیر، SNPs غیر مترادف از گیرنده ACE2 با ترانسکریپت NM_021804.2 آورده شده است و از جمله SNPs مورد توجه، SNPsی هستند که تغییرات اساسی مانند rs199951323 را ایجاد می‌کنند که منجر به یک کدون پیش‌زمینه می‌شود.
| ژن | dbsnp | کروموزوم (GRCh37) | POS | REF | ALT | الوسوم المخاطرة | ایفکت نشانگر | ارجاع |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| IVNS1ABP | rs6668622 | 1 | 185414582 | T | C | واریانت پذیر ت:ت و ت:سی در مردانs | نسبت فرص 1.44 | Roberts., 2020; |
| SRRM1 | rs111972040 | 1 | 24999361 | A | G | لطفاً این ریسک ژنوتایپ ها را ترجمه کنید: G:G و A:G، 3_prime_UTR_variant | معدل فرص بستری برای بیماران = 8.29 | |
| LZTFL1 | rs35044562 | 3 | 45909024 | A | G | G:G และ A:G ยีนรุ่นเสี่ยง, ตัวแปรอินทรอน, ตัวแปรยีนที่อยู่ด้านบนของยีน | odds ratio 1.60 | Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo |
| LZTFL1 | rs11385942 | 3 | 45876460 | A | - or A or AAA | InDel, A:A and A:- آسیب پذیری بیشتر به نارسایی هوایی را دارند، واریانت intron | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| LZTFL1 | rs10490770 *LD with rs11385942 | 3 | 45864732 | T | C | ژنوتیپ های خطرناک T:C و C:C، واریانت intron | معدل فرص برای نخاع هتروزیزوز 1.7 | Zeberg and Pääbo., 2020; |
| LZTFL1 | rs67959919 *LD with rs11385942 | 3 | 45871908 | G | A | ژنوتیپ‌های خطرناک G:A و A:A، واریانت intron | معدل فرص برای نخاع هتروزیزوز 1.7 | |
| LZTFL1 | rs35624553 *LD with rs11385942 | 3 | 45867440 | A | G | risk genotypes G:A and G:G, intron_variant" "risiko genotipe G:A dan G:G, varian intron | معدل فرص برای نخاع هتروزیزوز 1.7 | |
| LZTFL1 | rs71325088 *LD with rs11385942 | 3 | 45862952 | T | C | ژنوتیپ‌های خطرناک C:T و C:C، واریانت داخلی | معدل فرص برای نخاع هتروزیزوز 1.7 | |
| ABO | rs657152 | 9 | 136139265 | A | C or T | یک الله مخاطره‌ای، تغییرات درونی | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| Intergenic | rs5798227 | 12 | 53120100 | C | - | الولایت خطر پاک است | p = 2.2x10-7 | Blokland et al., 2020; |
| IGHV3-7 | rs11844522 | 14 | 106522576 | C | T | تغییرات قابل احتمال: تی:تی، سی:تی | p=1.9x10-7 | |
| Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) | rs73166864 | 22 | 23340580 | T | C or G | تغییرات قابل احتمال T:T و T:C | odds ratio 1.7 | Roberts., 2020; |
| TLR7 | rs200553089 | ChrX | 12906010 | G | T | risk genotypes T:G and T:T, missense_variant" "خطر الأنماط الجينية T:G و T:T ، الطفرة البديلة | Made et al., 2020; | |
| fa: SNPs sinonimos posicionados en ACE2 | ||||||||
| ACE2 | rs373153165 | chrX | 15580093 | C | T or A | خطای معنایی | p.Asp785Asn/c.2353G>A | Cao et al., 2020 |
| ACE2 | rs140016715 | chrX | 15582154 | G | A | خطای معنایی | p.Arg768Trp/c.2302C>T | |
| ACE2 | rs147311723 | chrX | 15582265 | G | A | خطای معنایی | p.Leu731Phe/c.2191C>T | |
| ACE2 | rs41303171 | chrX | 15582298 | T | C | خطای معنایی | p.Asn720Asp/c.2158A>G | |
| ACE2 | rs370187012 | chrX | 15582327 | C | T | خطای معنایی | p.Arg710His/c.2129G>A | |
| ACE2 | rs776995986 | chrX | 15582334 | G | A | خطای معنایی | p.Arg708Trp/c.2122C>T | |
| ACE2 | rs149039346 | chrX | 15584416 | A | G | خطای معنایی | p.Ser692Pro/c.2074T>C | |
| ACE2 | rs200180615 | chrX | 15584488 | C | T | خطای معنایی | p.Glu668Lys/c.2002G>A | |
| ACE2 | * |
chrX | 15585879 | A | C | stop_gained | p.Leu656*/c.1967T>G | |
| ACE2 | rs183135788 | chrX | 15585933 | T | C | خطای معنایی | p.Asn638Ser/c.1913A>G | |
| ACE2 | rs748163894 | chrX | 15588434 | G | A | خطای معنایی | ||
| ACE2 | rs202137736 | chrX | 15591485 | T | C | splice region variant and intron variant | c.1541+5A>G | |
| ACE2 | rs140473595 | chrX | 15591530 | C | T | خطای معنایی | p.Ala501Thr/c.1501G>A | |
| ACE2 | rs191860450 | chrX | 15593829 | T | C | خطای معنایی | p.Ile468Val/c.1402A>G | |
| ACE2 | rs758142853 | chrX | 15609868 | A | G | خطای معنایی | p.Val184Ala/c.551T>C | |
| ACE2 | rs754511501 | chrX | 15609902 | C | T | خطای معنایی | p.Gly173Ser/c.517G>A | |
| ACE2 | rs746034076 | chrX | 15609943 | T | C | خطای معنایی | p.Asn159Ser/c.476A>G | |
| ACE2 | rs373252182 | chrX | 15609973 | T | C | خطای معنایی | p.Asn149Ser/c.446A>G | |
| ACE2 | rs2285666 | chrX | 15610348 | C | T | splice region variant and intron variant | c.439+4G>A | |
| ACE2 | rs768736934 | chrX | 15612963 | C | T | splice region variant and intron variant | c.345+5G>A | |
| ACE2 | rs4646116 | chrX | 15618958 | T | C | خطای معنایی | p.Lys26Arg/c.77A>G | |
| ACE2 | rs73635825 | chrX | 15618980 | A | G | خطای معنایی | p.Ser19Pro/c.55T>C | |
| سنپ های مرتبط با سارس | ||||||||
| CD209 | rs4804803 | 19 | 7812733 | A | G | Susceptibile genotip A:A, variante trascrittuale upstream | NC_000019.10:7747846 | Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010 |
