Genes para resiliência à covid-19: identificação de marcadores de DNA correspondentes à resistência ao coronavírus esuscetibilidade
Analise seu DNA em casa: Genet Coronavírus (CoVs) (ordem Nidovirales, família Coronaviridae,
subfamília
Coronavirinae) são responsáveis para surtos de doenças respiratórias em muitos
espécies de vertebrados.
Eles são uma grande família de solteiros-vírus envelopados com RNA encalhado (+ssRNA) que podem
ser isolado em
diferentes espécies animais. Eles têmtamanhos de genoma variando entre 26 a 32 kilobases
(kb) de comprimento,
sendo os maiores genomas para RNAvírus (consequentemente aumentando a eficácia
de máscaras faciais).
COVID-19 também conhecido como agudo grave síndrome respiratória coronavírus 2 (SARS-CoV-2),
ou "romance
coronavírus 2019" é um novo vírus
e estamos apenas começando a entenderresistência e suscetibilidade em humanos. Marcadores ic correspondentes ao COVID-19 Resiliência.
O COVID-19 é semelhante à síndrome respiratória aguda grave (SARS) no respeito
que ambos os vírus
infectar seus hospedeiros humanos através do mesmo receptor, a enzima conversora de angiotensina 2
(receptor ACE2),
e causar sintomas clínicos e características patológicas.
Curiosamente a proteína spike que é responsável pela ligação ao receptor é altamente
semelhante entre
2019-nCoV e SARS-CoV, este é um resultadode seleção significativa para o mesmo
receptor(Wu.,
2020). Pesquise sobre como
nossos corpos se defendem contra a SARS poderevelar como nossos corpos podem se defender
covid-19.
Vários Genome Wide recentes Os estudos de associação (GWAS) forneceram uma visão muito mais profunda
visão sobre
as variações genéticas que podem ajudarexplicar por que alguns indivíduos são virtualmente
não afetado por
COVID-19, e para outros o vírus é com risco de vida ou mesmo fatal.
Neste post, fornecemos uma revisão da literatura revisada por pares e presente informações sobre genes candidatos paraResistência a SARS-CoV. Se você fez um teste de DNA em casa como disponíveis na 23andMe, Ancestry DNA, laboratórios Dante, você pode avaliar seus dados brutos de DNA e ver como sua sequência de DNA se compara com a resultados da pesquisa.
Como analisar seu DNA para resistência ou suscetibilidade ao coronavírus?
Passo 1) Baixe seu arquivo de DNA autossômico bruto e salve-o em um seguro local
Para analisar seus dados de DNA, comece por baixar seu DNA autossômico bruto e salvá-lo em um local seguro. Aqui estão as instruções para baixar seu arquivo de DNA bruto de: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.
Etapa 2) Analise seu arquivo de DNA bruto
Pesquise seus dados brutos de DNA usando um editor de texto como "text wrangler" ou "bloco de notas" usando o "localizar" ou usando a linha de comando.
Abra seu arquivo de DNA bruto e você observe os cabeçalhos de ID SNP exclusivo (rs# ou i#), cromossomo, posição e genótipo. O os formatos diferem ligeiramente entre cada direto para o DNA do consumidor empresa de testes.
Para avaliar seu risco de má qualidade recuperação do COVID-19 dê uma olhada nisso Marcadores de DNA descrito abaixo:
Vários estudos de associação do genoma (GWAS) foram publicados recentemente que descrevem locus associados com insuficiência respiratória em pacientesinfectado com SARS-CoV-2 e três estudos identificaram marcadores SNP no mesmo segmento genômico de ~50 kb que está herdado de Neandertais (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). Além disso, esses estudos GWAS também identificaram vários outros DNAsmarcadores que estão associados ao COVID-19, e cada destes são apresentados na tabela abaixo.
Além disso, outros marcadores de DNA abordados neste post incluem rs4804803 que foi associado à SARS, e os posicionados na angiotensina-receptor da enzima conversora-2 (ACE2) que provou ser o mesmo receptor para o respiratório humanocoronavirus NL63, , SARS-coronavirus (SARS-CoV), e o novo coronavírus 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Desde o pico proteína do coronavírus evoluiu para corresponde ao ACE2 receptor, é provável que os indivíduos com variações que alteram a proteína sequência resultaria em um grau de resistência à covid-19. Abaixo estão os SNPs não-sinônimos do Transcrição ACE2 NM_021804.2 e de particular juros são SNPs que causam grandes mudanças comors199951323 que resulta em um prematuro parar o códon.
| Gêneros | dbsnp | SNPs do cromossomo X | POS | REF | ALT | Alelos de risco | Efeito do marcador | lista de referência |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| IVNS1ABP | rs6668622 | 1 | 185414582 | T | C | Variante suscetível T:T e T:C no sexo masculinos | razão de chances 1,44 | Roberts., 2020; |
| SRRM1 | rs111972040 | 1 | 24999361 | A | G | genótipos de risco G:G e A:G, 3_prime_UTR_variant | razão de chances para internação = 8,29 | |
| LZTFL1 | rs35044562 | 3 | 45909024 | A | G | genótipos de risco G:G e A:G, intron_variant,genic_upstream_transcript_variant | odds ratio 1.60 | Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo |
| LZTFL1 | rs11385942 | 3 | 45876460 | A | - or A or AAA | InDel, A:A and A:- têm maior suscetibilidade à insuficiência respiratória, intron_variant | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| LZTFL1 | rs10490770 *LD with rs11385942 | 3 | 45864732 | T | C | genótipos de risco T:C e C:C, intron_variant | razão de chances para portadores heterozigotos 1.7 | Zeberg and Pääbo., 2020; |
| LZTFL1 | rs67959919 *LD with rs11385942 | 3 | 45871908 | G | A | genótipos de risco G:A e A:A, intron_variant | razão de chances para portadores heterozigotos 1.7 | |
| LZTFL1 | rs35624553 *LD with rs11385942 | 3 | 45867440 | A | G | genótipos de risco G:A e G:G, intron_variant | razão de chances para portadores heterozigotos 1.7 | |
| LZTFL1 | rs71325088 *LD with rs11385942 | 3 | 45862952 | T | C | genótipos de risco C:T e C:C, intron_variant | razão de chances para portadores heterozigotos 1.7 | |
| ABO | rs657152 | 9 | 136139265 | A | C or T | Um alelo de risco, intron_variant | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| Intergenic | rs5798227 | 12 | 53120100 | C | - | O alelo de risco é a deleção | p = 2.2x10-7 | Blokland et al., 2020; |
| IGHV3-7 | rs11844522 | 14 | 106522576 | C | T | Variações suscetíveis T:T, C:T | p=1.9x10-7 | |
| Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) | rs73166864 | 22 | 23340580 | T | C or G | Variações suscetíveis T:T e T:C | odds ratio 1.7 | Roberts., 2020; |
| TLR7 | rs200553089 | ChrX | 12906010 | G | T | genótipos de risco T:G e T:T, missense_variant | Made et al., 2020; | |
| SNPs sinônimos posicionados no ACE2 | ||||||||
| ACE2 | rs373153165 | chrX | 15580093 | C | T or A | missense_variant | p.Asp785Asn/c.2353G>A | Cao et al., 2020 |
| ACE2 | rs140016715 | chrX | 15582154 | G | A | missense_variant | p.Arg768Trp/c.2302C>T | |
| ACE2 | rs147311723 | chrX | 15582265 | G | A | missense_variant | p.Leu731Phe/c.2191C>T | |
| ACE2 | rs41303171 | chrX | 15582298 | T | C | missense_variant | p.Asn720Asp/c.2158A>G | |
| ACE2 | rs370187012 | chrX | 15582327 | C | T | missense_variant | p.Arg710His/c.2129G>A | |
| ACE2 | rs776995986 | chrX | 15582334 | G | A | missense_variant | p.Arg708Trp/c.2122C>T | |
| ACE2 | rs149039346 | chrX | 15584416 | A | G | missense_variant | p.Ser692Pro/c.2074T>C | |
| ACE2 | rs200180615 | chrX | 15584488 | C | T | missense_variant | p.Glu668Lys/c.2002G>A | |
| ACE2 | * |
chrX | 15585879 | A | C | stop_gained | p.Leu656*/c.1967T>G | |
| ACE2 | rs183135788 | chrX | 15585933 | T | C | missense_variant | p.Asn638Ser/c.1913A>G | |
| ACE2 | rs748163894 | chrX | 15588434 | G | A | missense_variant | ||
| ACE2 | rs202137736 | chrX | 15591485 | T | C | plice_region_variant+intron_variant | c.1541+5A>G | |
| ACE2 | rs140473595 | chrX | 15591530 | C | T | missense_variant | p.Ala501Thr/c.1501G>A | |
| ACE2 | rs191860450 | chrX | 15593829 | T | C | missense_variant | p.Ile468Val/c.1402A>G | |
| ACE2 | rs758142853 | chrX | 15609868 | A | G | missense_variant | p.Val184Ala/c.551T>C | |
| ACE2 | rs754511501 | chrX | 15609902 | C | T | missense_variant | p.Gly173Ser/c.517G>A | |
| ACE2 | rs746034076 | chrX | 15609943 | T | C | missense_variant | p.Asn159Ser/c.476A>G | |
| ACE2 | rs373252182 | chrX | 15609973 | T | C | missense_variant | p.Asn149Ser/c.446A>G | |
| ACE2 | rs2285666 | chrX | 15610348 | C | T | plice_region_variant+intron_variant | c.439+4G>A | |
| ACE2 | rs768736934 | chrX | 15612963 | C | T | plice_region_variant+intron_variant | c.345+5G>A | |
| ACE2 | rs4646116 | chrX | 15618958 | T | C | missense_variant | p.Lys26Arg/c.77A>G | |
| ACE2 | rs73635825 | chrX | 15618980 | A | G | missense_variant | p.Ser19Pro/c.55T>C | |
| SNPs associados à SARS | ||||||||
| CD209 | rs4804803 | 19 | 7812733 | A | G | Genótipo suscetível A:A, upstream_transcript_variant | NC_000019.10:7747846 | Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010 |