Genes para resiliência à covid-19: identificação de marcadores de DNA correspondentes à resistência ao coronavírus esuscetibilidade

Dr. Timothy Sexton

Coronavirus_Genetic_Markers


Analise seu DNA em casa: Genet Coronavírus (CoVs) (ordem Nidovirales, família Coronaviridae, subfamília Coronavirinae) são responsáveis ​​para surtos de doenças respiratórias em muitos espécies de vertebrados. Eles são uma grande família de solteiros-vírus envelopados com RNA encalhado (+ssRNA) que podem ser isolado em diferentes espécies animais. Eles têmtamanhos de genoma variando entre 26 a 32 kilobases (kb) de comprimento, sendo os maiores genomas para RNAvírus (consequentemente aumentando a eficácia de máscaras faciais). COVID-19 também conhecido como agudo grave síndrome respiratória coronavírus 2 (SARS-CoV-2), ou "romance coronavírus 2019" é um novo vírus e estamos apenas começando a entenderresistência e suscetibilidade em humanos. Marcadores ic correspondentes ao COVID-19 Resiliência.


O COVID-19 é semelhante à síndrome respiratória aguda grave (SARS) no respeito que ambos os vírus infectar seus hospedeiros humanos através do mesmo receptor, a enzima conversora de angiotensina 2 (receptor ACE2), e causar sintomas clínicos e características patológicas. Curiosamente a proteína spike que é responsável pela ligação ao receptor é altamente semelhante entre 2019-nCoV e SARS-CoV, este é um resultadode seleção significativa para o mesmo receptor(Wu., 2020). Pesquise sobre como nossos corpos se defendem contra a SARS poderevelar como nossos corpos podem se defender covid-19.


Vários Genome Wide recentes Os estudos de associação (GWAS) forneceram uma visão muito mais profunda visão sobre as variações genéticas que podem ajudarexplicar por que alguns indivíduos são virtualmente não afetado por COVID-19, e para outros o vírus é com risco de vida ou mesmo fatal.

Neste post, fornecemos uma revisão da literatura revisada por pares e presente informações sobre genes candidatos paraResistência a SARS-CoV. Se você fez um teste de DNA em casa como disponíveis na 23andMe, Ancestry DNA, laboratórios Dante, você pode avaliar seus dados brutos de DNA e ver como sua sequência de DNA se compara com a resultados da pesquisa.


How to analyze your DNA for coronavirus resistance or susceptibility?


Passo 1) Baixe seu arquivo de DNA autossômico bruto e salve-o em um seguro local

Para analisar seus dados de DNA, comece por baixar seu DNA autossômico bruto e salvá-lo em um local seguro. Aqui estão as instruções para baixar seu arquivo de DNA bruto de: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.


Etapa 2) Analise seu arquivo de DNA bruto


Pesquise seus dados brutos de DNA usando um editor de texto como "text wrangler" ou "bloco de notas" usando o "localizar" ou usando a linha de comando.

Abra seu arquivo de DNA bruto e você observe os cabeçalhos de ID SNP exclusivo (rs# ou i#), cromossomo, posição e genótipo. O os formatos diferem ligeiramente entre cada direto para o DNA do consumidor empresa de testes.


Para avaliar seu risco de má qualidade recuperação do COVID-19 dê uma olhada nisso Marcadores de DNA descrito abaixo:

Vários estudos de associação do genoma (GWAS) foram publicados recentemente que descrevem locus associados com insuficiência respiratória em pacientesinfectado com SARS-CoV-2 e três estudos identificaram marcadores SNP no mesmo segmento genômico de ~50 kb que está herdado de Neandertais (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). Além disso, esses estudos GWAS também identificaram vários outros DNAsmarcadores que estão associados ao COVID-19, e cada destes são apresentados na tabela abaixo.


Além disso, outros marcadores de DNA abordados neste post incluem rs4804803 que foi associado à SARS, e os posicionados na angiotensina-receptor da enzima conversora-2 (ACE2) que provou ser o mesmo receptor para o respiratório humanocoronavirus NL63, , SARS-coronavirus (SARS-CoV), e o novo coronavírus 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Desde o pico proteína do coronavírus evoluiu para corresponde ao ACE2 receptor, é provável que os indivíduos com variações que alteram a proteína sequência resultaria em um grau de resistência à covid-19. Abaixo estão os SNPs não-sinônimos do Transcrição ACE2 NM_021804.2 e de particular juros são SNPs que causam grandes mudanças comors199951323 que resulta em um prematuro parar o códon.


Gêneros dbsnp SNPs do cromossomo X POS REF ALT Alelos de risco Efeito do marcador lista de referência
IVNS1ABP rs6668622 1 185414582 T C Variante suscetível T:T e T:C no sexo masculinos razão de chances 1,44 Roberts., 2020;
SRRM1 rs111972040 1 24999361 A G genótipos de risco G:G e A:G, 3_prime_UTR_variant razão de chances para internação = 8,29
LZTFL1 rs35044562 3 45909024 A G genótipos de risco G:G e A:G, intron_variant,genic_upstream_transcript_variant odds ratio 1.60 Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo
LZTFL1 rs11385942 3 45876460 A - or A or AAA InDel, A:A and A:- têm maior suscetibilidade à insuficiência respiratória, intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
LZTFL1 rs10490770 *LD with rs11385942 3 45864732 T C genótipos de risco T:C e C:C, intron_variant razão de chances para portadores heterozigotos 1.7 Zeberg and Pääbo., 2020;
LZTFL1 rs67959919 *LD with rs11385942 3 45871908 G A genótipos de risco G:A e A:A, intron_variant razão de chances para portadores heterozigotos 1.7
LZTFL1 rs35624553 *LD with rs11385942 3 45867440 A G genótipos de risco G:A e G:G, intron_variant razão de chances para portadores heterozigotos 1.7
LZTFL1 rs71325088 *LD with rs11385942 3 45862952 T C genótipos de risco C:T e C:C, intron_variant razão de chances para portadores heterozigotos 1.7
ABO rs657152 9 136139265 A C or T Um alelo de risco, intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
Intergenic rs5798227 12 53120100 C - O alelo de risco é a deleção p = 2.2x10-7 Blokland et al., 2020;
IGHV3-7 rs11844522 14 106522576 C T Variações suscetíveis T:T, C:T p=1.9x10-7
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) rs73166864 22 23340580 T C or G Variações suscetíveis T:T e T:C odds ratio 1.7 Roberts., 2020;
TLR7 rs200553089 ChrX 12906010 G T genótipos de risco T:G e T:T, missense_variant Made et al., 2020;
SNPs sinônimos posicionados no ACE2
ACE2 rs373153165 chrX 15580093 C T or A missense_variant p.Asp785Asn/c.2353G>A Cao et al., 2020
ACE2 rs140016715 chrX 15582154 G A missense_variant p.Arg768Trp/c.2302C>T
ACE2 rs147311723 chrX 15582265 G A missense_variant p.Leu731Phe/c.2191C>T
ACE2 rs41303171 chrX 15582298 T C missense_variant p.Asn720Asp/c.2158A>G
ACE2 rs370187012 chrX 15582327 C T missense_variant p.Arg710His/c.2129G>A
ACE2 rs776995986 chrX 15582334 G A missense_variant p.Arg708Trp/c.2122C>T
ACE2 rs149039346 chrX 15584416 A G missense_variant p.Ser692Pro/c.2074T>C
ACE2 rs200180615 chrX 15584488 C T missense_variant p.Glu668Lys/c.2002G>A
ACE2 *rs199951323 chrX 15585879 A C stop_gained p.Leu656*/c.1967T>G
ACE2 rs183135788 chrX 15585933 T C missense_variant p.Asn638Ser/c.1913A>G
ACE2 rs748163894 chrX 15588434 G A missense_variant
ACE2 rs202137736 chrX 15591485 T C plice_region_variant+intron_variant c.1541+5A>G
ACE2 rs140473595 chrX 15591530 C T missense_variant p.Ala501Thr/c.1501G>A
ACE2 rs191860450 chrX 15593829 T C missense_variant p.Ile468Val/c.1402A>G
ACE2 rs758142853 chrX 15609868 A G missense_variant p.Val184Ala/c.551T>C
ACE2 rs754511501 chrX 15609902 C T missense_variant p.Gly173Ser/c.517G>A
ACE2 rs746034076 chrX 15609943 T C missense_variant p.Asn159Ser/c.476A>G
ACE2 rs373252182 chrX 15609973 T C missense_variant p.Asn149Ser/c.446A>G
ACE2 rs2285666 chrX 15610348 C T plice_region_variant+intron_variant c.439+4G>A
ACE2 rs768736934 chrX 15612963 C T plice_region_variant+intron_variant c.345+5G>A
ACE2 rs4646116 chrX 15618958 T C missense_variant p.Lys26Arg/c.77A>G
ACE2 rs73635825 chrX 15618980 A G missense_variant p.Ser19Pro/c.55T>C
SNPs associados à SARS
CD209 rs4804803 19 7812733 A G Genótipo suscetível A:A, upstream_transcript_variant NC_000019.10:7747846 Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010

Uma observação interessante a ser observada é que o gene ACE2 está posicionado em o cromossomo X, significando que os homens herdarão apenas uma cópia de este gene. A diversidade adicional fornecida pelo fêmeas 2ª cópia do gene ACE2 em seu 2º Xcromossomo poderia, em parte, ajudar a explicar por que as mulheres são menos suscetível à covid-19.


Etapa 3) Compare seu genótipo com os resultados da pesquisa

Há uma riqueza de recursos descrevendo informações para cada SNP incluindo dbSNP e SNPedia


dbSNP

dbSNP contém variações de nucleotídeo único humano, microssatélites e inserções e exclusões em pequena escala junto com publicação, população frequência, consequência molecular e informações de mapeamento genômico e RefSeq para variações comuns e mutações clínicas


SNPpedia

SNPedia é um wiki que investiga a genética humana. Eles compartilham informações sobre os efeitos das variações no DNA, citando artigos científicos revisados ​​por parespublicações. É usado pela Promethease para criar um relatório pessoal ligando suas variações de DNA para as informações publicadas sobre eles



**Se você está preocupado com qualquer coisa que você vê em seus resultados de DNA, por favorfale com seu médico, ou um conselheiro de genética




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