covid-19レジリエンスの遺伝子:対応するDNAマーカーの同定 コロナウイルス耐性と感受性

Dr. Timothy Sexton

Coronavirus_Genetic_Markers


コロナウイルス(CoV)(ニドウイルス目コロナウイルス科)i>、 サブファミリー コロナウイルス)が責任を負います多くの呼吸器疾患の発生について 脊椎動物種。 彼らはシングルの大家族です-鎖状RNAエンベロープウイルス(+ ssRNA)は 隔離される さまざまな動物種。彼らは持っている26から32キロベースの範囲のゲノムサイズ (kb)の長さ RNAの最大のゲノムであることウイルス(結果として有効性が高まる フェイスマスクの」。 COVID-19は重症急性としても知られています呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)、 または"小説 コロナウイルス2019」は新しいウイルスです そして私たちは理解し始めたばかりです人間の抵抗と感受性。


COVID-19は、「重症急性呼吸器症候群(SARS)」に類似しています。敬意を表する その両方のウイルス 同じ方法で人間の宿主に感染する受容体、アンジオテンシン変換酵素2 (ACE2受容体)、 そして同様の臨床的および」を引き起こす病理学的特徴。 興味深いことに、スパイクタンパク質は受容体結合の責任は非常に高い 間で似ている 2019-nCoVとSARS-CoV、これは結果です同じものの重要な選択 受容体( Wu。、 2020 )。方法の調査 私たちの体はSARSに対して防御するかもしれない私たちの体がどのように防御できるかを明らかにする covid-19。


最近のいくつかのゲノムワイド関連解析(GWAS)は、はるかに深い を提供しました」洞察 助けることができる遺伝的変異 一部の個人が事実上 である理由を説明してください影響を受けない COVID-19、そして他の人にとってはウイルスは生命を脅かす、あるいは致命的です。

この投稿では、査読済みの文献のレビューを提供し、現在 候補遺伝子に関する情報SARS-CoV耐性。自宅でDNA検査を受けた場合 23andMe、Ancestryから入手可能なものDNA、ダンテラボ、生のDNAデータを評価して見ることができます あなたのDNA配列がどのように比較されるか研究結果。


DNAをコロナウイルス耐性または感受性について分析する方法?


ステップ1)生の常染色体DNAファイルをダウンロードして、安全な場所に保存します。安全 場所

DNAデータを分析するには、まず生の常染色体DNAをダウンロードして保存します 安全な場所。 ここにあなたのをダウンロードするための指示がありますからの生のDNAファイル: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.


ステップ2)生のDNAファイルを分析する


"text wrangler" などのテキストエディタを使用して生のDNAデータを検索しますまたは "メモ帳" 「検索」を使用して 関数、またはコマンドラインを使用します。

生のDNAファイルを開くと、一意の SNP ID(rs#または )のヘッダーに注意してくださいi#) 、 染色体、位置および遺伝子型。フォーマットは各ダイレクト間でわずかに異なります 消費者のDNAへ テスト会社。


貧しい人々のリスクを評価するためにCOVID-19からの回復はこれらを探しています DNAマーカー 以下に説明:

いくつかのゲノムワイド関連解析(GWAS)は最近公開されました 関連する遺伝子座 患者の呼吸不全を伴うSARS-CoV-2に感染している そして3つの研究がSNPマーカーを特定しました同じ〜50kbのゲノムセグメント内に 継承元 ネアンデルタール人 (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). さらに、これらのGWAS研究では、他の多くのDNAも特定されましたそのマーカー COVID-19に関連付けられており、それぞれこれらのうち、以下の表に示されています。


さらに、この投稿で取り上げられている他のDNAマーカーにはrs4804803が含まれていますこれは SARSに関連付けられています そしてアンジオテンシンに配置されたもの-変換酵素2(ACE2)受容体 であることが証明されました人間の呼吸のための同じ受容体コロナウイルスNL63、、SARS-コロナウイルス (SARS-CoV)、および 新しいコロナウイルス2019-nCoV /SARS-CoV (Li et al。、 2017 ; Lu et al。、2019 )。スパイク以降コロナウイルスのタンパク質は進化して ACE2と一致する 受容体、それは個人である可能性が高いタンパク質を変えるバリエーションを使って シーケンスは結果として covid-19に対するある程度の抵抗。 以下は、「」からの非同義のSNPです。ACE2トランスクリプトNM_021804.2および特に 関心はSNPです それは」のような大きな変化を引き起こします rs199951323 これは時期尚早になります 終止コドン。


遺伝子 dbsnp 染色体(GRCh37) POS REF ALT リスク対立遺伝子 マーカー効果 参照
IVNS1ABP rs6668622 1 185414582 T C 男性の感受性変異体 T:T および T:Cs オッズ比1.44 Roberts., 2020;
SRRM1 rs111972040 1 24999361 A G リスク遺伝子型G:GおよびA:G、3_prime_UTR_variant 入院のオッズ比= 8.29
LZTFL1 rs35044562 3 45909024 A G リスク遺伝子型G:GおよびA:G、intron_variant、genic_upstream_transcript_variant odds ratio 1.60 Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo
LZTFL1 rs11385942 3 45876460 A - or A or AAA InDel, A:A and A:- 呼吸不全の感受性が高い、intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
LZTFL1 rs10490770 *LD with rs11385942 3 45864732 T C リスク遺伝子型T:CおよびC:C、intron_variant ヘテロ接合性保因者のオッズ比1.7 Zeberg and Pääbo., 2020;
LZTFL1 rs67959919 *LD with rs11385942 3 45871908 G A リスク遺伝子型G:AおよびA:A、intron_variant ヘテロ接合性保因者のオッズ比1.7
LZTFL1 rs35624553 *LD with rs11385942 3 45867440 A G リスク遺伝子型G:AおよびG:G、intron_variant ヘテロ接合性保因者のオッズ比1.7
LZTFL1 rs71325088 *LD with rs11385942 3 45862952 T C リスク遺伝子型C:TおよびC:C、intron_variant ヘテロ接合性保因者のオッズ比1.7
ABO rs657152 9 136139265 A C or T リスク対立遺伝子、intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
Intergenic rs5798227 12 53120100 C - リスク対立遺伝子は欠失です p = 2.2x10-7 Blokland et al., 2020;
IGHV3-7 rs11844522 14 106522576 C T 感受性の高い変動T:T、C:T p=1.9x10-7
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) rs73166864 22 23340580 T C or G 感受性の高い変動T:TおよびT:C odds ratio 1.7 Roberts., 2020;
TLR7 rs200553089 ChrX 12906010 G T リスク遺伝子型T:GおよびT:T、missense_variant Made et al., 2020;
ACE2に配置された同義のSNP
ACE2 rs373153165 chrX 15580093 C T or A missense_variant p.Asp785Asn/c.2353G>A Cao et al., 2020
ACE2 rs140016715 chrX 15582154 G A missense_variant p.Arg768Trp/c.2302C>T
ACE2 rs147311723 chrX 15582265 G A missense_variant p.Leu731Phe/c.2191C>T
ACE2 rs41303171 chrX 15582298 T C missense_variant p.Asn720Asp/c.2158A>G
ACE2 rs370187012 chrX 15582327 C T missense_variant p.Arg710His/c.2129G>A
ACE2 rs776995986 chrX 15582334 G A missense_variant p.Arg708Trp/c.2122C>T
ACE2 rs149039346 chrX 15584416 A G missense_variant p.Ser692Pro/c.2074T>C
ACE2 rs200180615 chrX 15584488 C T missense_variant p.Glu668Lys/c.2002G>A
ACE2 *rs199951323 chrX 15585879 A C stop_gained p.Leu656*/c.1967T>G
ACE2 rs183135788 chrX 15585933 T C missense_variant p.Asn638Ser/c.1913A>G
ACE2 rs748163894 chrX 15588434 G A missense_variant
ACE2 rs202137736 chrX 15591485 T C splice_region_variant + intron_variant c.1541+5A>G
ACE2 rs140473595 chrX 15591530 C T missense_variant p.Ala501Thr/c.1501G>A
ACE2 rs191860450 chrX 15593829 T C missense_variant p.Ile468Val/c.1402A>G
ACE2 rs758142853 chrX 15609868 A G missense_variant p.Val184Ala/c.551T>C
ACE2 rs754511501 chrX 15609902 C T missense_variant p.Gly173Ser/c.517G>A
ACE2 rs746034076 chrX 15609943 T C missense_variant p.Asn159Ser/c.476A>G
ACE2 rs373252182 chrX 15609973 T C missense_variant p.Asn149Ser/c.446A>G
ACE2 rs2285666 chrX 15610348 C T splice_region_variant + intron_variant c.439+4G>A
ACE2 rs768736934 chrX 15612963 C T splice_region_variant + intron_variant c.345+5G>A
ACE2 rs4646116 chrX 15618958 T C missense_variant p.Lys26Arg/c.77A>G
ACE2 rs73635825 chrX 15618980 A G missense_variant p.Ser19Pro/c.55T>C
SARSに関連するSNP
CD209 rs4804803 19 7812733 A G 感受性遺伝子型A:A、upstream_transcript_variant NC_000019.10:7747846 Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010

注目すべき興味深い観察の1つは、ACE2遺伝子が上に位置していることですX染色体、 男性は「」のコピーを1つだけ継承することを意味しますこの遺伝子。 によって提供される追加の多様性女性の2番目のXにあるACE2遺伝子の2番目のコピー染色体は、女性が少ない理由を説明するのに部分的に役立つ可能性があります covid-19の影響を受けやすい。


ステップ3)遺伝子型/ SNPを追加の研究結果と比較する

これに関連する情報を説明する豊富なリソースがありますSNPチェックアウト dbSNPとSNPedia


dbSNP

dbSNP に含まれる 人間のシングル ヌクレオチド変異、マイクロサテライト、および小規模な挿入と削除、および 出版物、 人口頻度、分子の結果、およびのゲノムおよびRefSeqマッピング情報 両方共通 変異と臨床的変異。


SNPpedia

SNPedia はウィキです 人間の遺伝学を調査します。彼らは共有しますDNAの変化の影響に関する情報 引用 査読付きの科学出版物。それはPrometheaseが個人レポートを作成するために使用しました あなたのリンク 公開された情報に対するDNAのバリエーション彼らについて。



**DNAの結果に見られるものが気になる場合は、どうぞあなたに話しかけてください 医者、または遺伝学評議員




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