covid-19レジリエンスの遺伝子:対応するDNAマーカーの同定 コロナウイルス耐性と感受性

コロナウイルス(CoV)(ニドウイルス目 i>、コロナウイルス科 i>)i>、
サブファミリー
コロナウイルス i>)が責任を負います多くの呼吸器疾患の発生について
脊椎動物種。
彼らはシングルの大家族です-鎖状RNAエンベロープウイルス(+ ssRNA)は
隔離される
さまざまな動物種。彼らは持っている26から32キロベースの範囲のゲノムサイズ
(kb)の長さ
RNAの最大のゲノムであることウイルス(結果として有効性が高まる
フェイスマスクの」。
COVID-19は重症急性としても知られています呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)、
または"小説
コロナウイルス2019」は新しいウイルスです
そして私たちは理解し始めたばかりです人間の抵抗と感受性。
COVID-19は、「重症急性呼吸器症候群(SARS)」に類似しています。敬意を表する
その両方のウイルス
同じ方法で人間の宿主に感染する受容体、アンジオテンシン変換酵素2
(ACE2受容体)、
そして同様の臨床的および」を引き起こす病理学的特徴。
興味深いことに、スパイクタンパク質は受容体結合の責任は非常に高い
間で似ている
2019-nCoVとSARS-CoV、これは結果です同じものの重要な選択
受容体( Wu。、
2020 )。方法の調査
私たちの体はSARSに対して防御するかもしれない私たちの体がどのように防御できるかを明らかにする
covid-19。
最近のいくつかのゲノムワイド関連解析(GWAS)は、はるかに深い
を提供しました」洞察
助けることができる遺伝的変異 一部の個人が事実上
である理由を説明してください影響を受けない
COVID-19、そして他の人にとってはウイルスは生命を脅かす、あるいは致命的です。
この投稿では、査読済みの文献のレビューを提供し、現在 候補遺伝子に関する情報SARS-CoV耐性。自宅でDNA検査を受けた場合 23andMe、Ancestryから入手可能なものDNA、ダンテラボ、生のDNAデータを評価して見ることができます あなたのDNA配列がどのように比較されるか研究結果。
DNAをコロナウイルス耐性または感受性について分析する方法?
ステップ1)生の常染色体DNAファイルをダウンロードして、安全な場所に保存します。安全 場所
DNAデータを分析するには、まず生の常染色体DNAをダウンロードして保存します 安全な場所。 ここにあなたのをダウンロードするための指示がありますからの生のDNAファイル: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.
ステップ2)生のDNAファイルを分析する
"text wrangler" などのテキストエディタを使用して生のDNAデータを検索しますまたは "メモ帳" 「検索」を使用して 関数、またはコマンドラインを使用します。
生のDNAファイルを開くと、一意の SNP ID(rs#または )のヘッダーに注意してくださいi#) 、 染色体、位置および遺伝子型。フォーマットは各ダイレクト間でわずかに異なります 消費者のDNAへ テスト会社。
貧しい人々のリスクを評価するためにCOVID-19からの回復はこれらを探しています DNAマーカー 以下に説明:
いくつかのゲノムワイド関連解析(GWAS)は最近公開されました 関連する遺伝子座 患者の呼吸不全を伴うSARS-CoV-2に感染している そして3つの研究がSNPマーカーを特定しました同じ〜50kbのゲノムセグメント内に 継承元 ネアンデルタール人 (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). さらに、これらのGWAS研究では、他の多くのDNAも特定されましたそのマーカー COVID-19に関連付けられており、それぞれこれらのうち、以下の表に示されています。
さらに、この投稿で取り上げられている他のDNAマーカーにはrs4804803が含まれていますこれは SARSに関連付けられています そしてアンジオテンシンに配置されたもの-変換酵素2(ACE2)受容体 であることが証明されました人間の呼吸のための同じ受容体コロナウイルスNL63、、SARS-コロナウイルス (SARS-CoV)、および 新しいコロナウイルス2019-nCoV /SARS-CoV (Li et al。、 2017 ; Lu et al。、2019 )。スパイク以降コロナウイルスのタンパク質は進化して ACE2と一致する 受容体、それは個人である可能性が高いタンパク質を変えるバリエーションを使って シーケンスは結果として covid-19に対するある程度の抵抗。 以下は、「」からの非同義のSNPです。ACE2トランスクリプトNM_021804.2および特に 関心はSNPです それは」のような大きな変化を引き起こします rs199951323 これは時期尚早になります 終止コドン。
遺伝子 | dbsnp | 染色体(GRCh37) | POS | REF | ALT | リスク対立遺伝子 | マーカー効果 | 参照 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
IVNS1ABP | rs6668622 | 1 | 185414582 | T | C | 男性の感受性変異体 T:T および T:Cs | オッズ比1.44 | Roberts., 2020; |
SRRM1 | rs111972040 | 1 | 24999361 | A | G | リスク遺伝子型G:GおよびA:G、3_prime_UTR_variant | 入院のオッズ比= 8.29 | |
LZTFL1 | rs35044562 | 3 | 45909024 | A | G | リスク遺伝子型G:GおよびA:G、intron_variant、genic_upstream_transcript_variant | odds ratio 1.60 | Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo |
LZTFL1 | rs11385942 | 3 | 45876460 | A | - or A or AAA | InDel, A:A and A:- 呼吸不全の感受性が高い、intron_variant | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
LZTFL1 | rs10490770 *LD with rs11385942 | 3 | 45864732 | T | C | リスク遺伝子型T:CおよびC:C、intron_variant | ヘテロ接合性保因者のオッズ比1.7 | Zeberg and Pääbo., 2020; |
LZTFL1 | rs67959919 *LD with rs11385942 | 3 | 45871908 | G | A | リスク遺伝子型G:AおよびA:A、intron_variant | ヘテロ接合性保因者のオッズ比1.7 | |
LZTFL1 | rs35624553 *LD with rs11385942 | 3 | 45867440 | A | G | リスク遺伝子型G:AおよびG:G、intron_variant | ヘテロ接合性保因者のオッズ比1.7 | |
LZTFL1 | rs71325088 *LD with rs11385942 | 3 | 45862952 | T | C | リスク遺伝子型C:TおよびC:C、intron_variant | ヘテロ接合性保因者のオッズ比1.7 | |
ABO | rs657152 | 9 | 136139265 | A | C or T | リスク対立遺伝子、intron_variant | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
Intergenic | rs5798227 | 12 | 53120100 | C | - | リスク対立遺伝子は欠失です | p = 2.2x10-7 | Blokland et al., 2020; |
IGHV3-7 | rs11844522 | 14 | 106522576 | C | T | 感受性の高い変動T:T、C:T | p=1.9x10-7 | |
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) | rs73166864 | 22 | 23340580 | T | C or G | 感受性の高い変動T:TおよびT:C | odds ratio 1.7 | Roberts., 2020; |
TLR7 | rs200553089 | ChrX | 12906010 | G | T | リスク遺伝子型T:GおよびT:T、missense_variant | Made et al., 2020; | |
ACE2に配置された同義のSNP | ||||||||
ACE2 | rs373153165 | chrX | 15580093 | C | T or A | missense_variant | p.Asp785Asn/c.2353G>A | Cao et al., 2020 |
ACE2 | rs140016715 | chrX | 15582154 | G | A | missense_variant | p.Arg768Trp/c.2302C>T | |
ACE2 | rs147311723 | chrX | 15582265 | G | A | missense_variant | p.Leu731Phe/c.2191C>T | |
ACE2 | rs41303171 | chrX | 15582298 | T | C | missense_variant | p.Asn720Asp/c.2158A>G | |
ACE2 | rs370187012 | chrX | 15582327 | C | T | missense_variant | p.Arg710His/c.2129G>A | |
ACE2 | rs776995986 | chrX | 15582334 | G | A | missense_variant | p.Arg708Trp/c.2122C>T | |
ACE2 | rs149039346 | chrX | 15584416 | A | G | missense_variant | p.Ser692Pro/c.2074T>C | |
ACE2 | rs200180615 | chrX | 15584488 | C | T | missense_variant | p.Glu668Lys/c.2002G>A | |
ACE2 | * |
chrX | 15585879 | A | C | stop_gained | p.Leu656*/c.1967T>G | |
ACE2 | rs183135788 | chrX | 15585933 | T | C | missense_variant | p.Asn638Ser/c.1913A>G | |
ACE2 | rs748163894 | chrX | 15588434 | G | A | missense_variant | ||
ACE2 | rs202137736 | chrX | 15591485 | T | C | splice_region_variant + intron_variant | c.1541+5A>G | |
ACE2 | rs140473595 | chrX | 15591530 | C | T | missense_variant | p.Ala501Thr/c.1501G>A | |
ACE2 | rs191860450 | chrX | 15593829 | T | C | missense_variant | p.Ile468Val/c.1402A>G | |
ACE2 | rs758142853 | chrX | 15609868 | A | G | missense_variant | p.Val184Ala/c.551T>C | |
ACE2 | rs754511501 | chrX | 15609902 | C | T | missense_variant | p.Gly173Ser/c.517G>A | |
ACE2 | rs746034076 | chrX | 15609943 | T | C | missense_variant | p.Asn159Ser/c.476A>G | |
ACE2 | rs373252182 | chrX | 15609973 | T | C | missense_variant | p.Asn149Ser/c.446A>G | |
ACE2 | rs2285666 | chrX | 15610348 | C | T | splice_region_variant + intron_variant | c.439+4G>A | |
ACE2 | rs768736934 | chrX | 15612963 | C | T | splice_region_variant + intron_variant | c.345+5G>A | |
ACE2 | rs4646116 | chrX | 15618958 | T | C | missense_variant | p.Lys26Arg/c.77A>G | |
ACE2 | rs73635825 | chrX | 15618980 | A | G | missense_variant | p.Ser19Pro/c.55T>C | |
SARSに関連するSNP | ||||||||
CD209 | rs4804803 | 19 | 7812733 | A | G | 感受性遺伝子型A:A、upstream_transcript_variant | NC_000019.10:7747846 | Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010 |