covid-19 회복력을 위한 유전자: 해당하는 DNA 마커 식별 코로나바이러스 저항에감수성

Dr. Timothy Sexton

Coronavirus_Genetic_Markers


코로나바이러스(CoV)(Nidovirales 주문, Coronaviridae 가족)나>, 서브패밀리 코로나바이러스) 책임많은 지역에서 호흡기 질환 발병에 대해 척추동물 종. 그들은 싱글의 대가족-할 수 있는 좌초된 RNA 외피 바이러스(+ssRNA) 격리 다른 동물 종. 그들은 26~32 킬로베이스 범위의 게놈 크기 (kb) 길이, RNA의 가장 큰 게놈바이러스(결과적으로 효율성 증가 마스크 중). 중증급성으로도 알려진 코로나19호흡기 증후군 코로나바이러스 2(SARS-CoV-2), 또는 "소설 코로나바이러스 2019"는 새로운 바이러스입니다 그리고 우리는 이제 막 이해하기 시작했습니다 인간의 저항과 감수성.


코로나19, 중증급성호흡기증후군(SARS)과 유사존경 두 바이러스 모두 같은 방법으로 인간 숙주를 감염 수용체, 안지오텐신 전환 효소 2 (ACE2 수용체), 및 유사한 임상 및 병리학적 특징. 흥미롭게도 스파이크 단백질은 수용체 결합에 대한 책임이 매우 높음 비슷한 2019-nCoV와 SARS-CoV, 이것이 결과입니다동일한 항목에 대한 중요한 선택 수용체(우, 2020년). 방법 연구 우리 몸은 사스로부터 방어우리 몸이 방어할 수 있는 방법을 밝혀라 코로나19.


최근 몇 개의 게놈 와이드 협회 연구(GWAS)는 훨씬 더 깊은 정보를 제공했습니다. 에 대한 통찰력 도움이 될 수 있는 유전적 변이 일부 개인이 가상인 이유를 설명하십시오. 영향을 받지 않음 코로나19, 그리고 다른 이들에게 바이러스는 생명을 위협하거나 심지어 치명적입니다.

이 게시물에서 우리는 피어 리뷰 문헌에 대한 리뷰를 제공하고 현재 후보 유전자 정보 SARS-CoV 내성. 집에서 DNA 검사를 했다면 23andMe, Ancestry에서 사용 가능한 것들 DNA, Dante 연구소, 원시 DNA 데이터를 평가하고 볼 수 있습니다. 당신의 DNA 서열이 연구 결과들.


코로나바이러스 내성 또는 감수성에 대해 DNA를 분석하는 방법?


1단계) 원시 상염색체 DNA 파일을 다운로드하여 금고에 저장하고 보안 위치

DNA 데이터를 분석하려면 원시 상염색체 DNA를 다운로드하고 저장합니다. 안전한 위치 다운로드 지침은 다음과 같습니다. 원시 DNA 파일: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.


2단계) 원시 DNA 파일 분석


"text wrangler" 와 같은 텍스트 편집기를 사용하여 원시 DNA 데이터 검색또는 "메모장" "찾기" 사용 함수를 사용하거나 명령줄을 사용합니다.

원시 DNA 파일을 열면 고유한 SNP ID(rs# 또는 )의 헤더를 확인하십시오. i#), 염색체, 위치 및 유전자형. 형식은 각 다이렉트 간에 약간 다릅니다 소비자 DNA에 테스트 회사입니다.


빈곤의 위험을 평가하기 위해 COVID-19로부터의 회복을 위해 이것들을 살펴보세요 DNA 마커 아래 설명:

여러 게놈 넓은 연관성 연구 (GWAS)가 최근에 다음을 설명하는 게시되었습니다. 연결된 위치 환자의 호흡 부전과 함께SARS-CoV-2에 감염 및 3개의 연구에서 SNP 마커를 확인했습니다동일한 ~50kb 게놈 세그먼트에서 에서 상속됨 네안데르탈인 (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). 또한 이 GWAS 연구는 다른 많은 DNA도 확인했습니다 마커 는 COVID-19와 관련이 있으며 각 이 중 아래 표에 나와 있습니다.


또한 이 게시물에서 다루는 다른 DNA 마커에는 rs4804803이 포함됩니다.그건 SARS와 연관됨, 그리고 지오텐신에 위치하는 것들-전환 효소-2(ACE2) 수용체 로 판명되었습니다 인간 호흡기에 대한 동일한 수용체코로나바이러스 NL63, , SARS-코로나바이러스 (SARS-CoV) 및 신종 코로나바이러스 2019-nCoV/SARS-CoV (리 외, 2017년; 루 et al., 2019). 급증 이후 코로나바이러스의 단백질은 다음과 같이 진화했습니다 ACE2와 일치 수용체, 아마도 개인단백질을 변경하는 변형으로 시퀀스 결과는 코로나19에 대한 저항 수준. 아래는 ACE2 성적표 NM_021804.2 및 특정 관심은 SNP 와 같은 주요 변경 사항을 유발합니다.rs199951323으로 인해 조기 정지 코돈.


유전자 dbsnp 염색체(GRCh37) POS REF ALT 위험 대립 유전자 마커 효과 참조
IVNS1ABP rs6668622 1 185414582 T C 남성의 감수성 변이 T:T 및 T:Cs 승산비 1.44 Roberts., 2020;
SRRM1 rs111972040 1 24999361 A G 위험 유전자형 G:G 및 A:G, 3_prime_UTR_variant 입원 승산비 = 8.29
LZTFL1 rs35044562 3 45909024 A G 위험 유전자형 G:G 및 A:G, intron_variant,genic_upstream_transcript_variant odds ratio 1.60 Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo
LZTFL1 rs11385942 3 45876460 A - or A or AAA InDel, A:A and A:- 더 높은 호흡 부전 감수성, intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
LZTFL1 rs10490770 *LD with rs11385942 3 45864732 T C 위험 유전자형 T:C 및 C:C, intron_variant 이형 접합체에 대한 승산비 1.7 Zeberg and Pääbo., 2020;
LZTFL1 rs67959919 *LD with rs11385942 3 45871908 G A 위험 유전자형 G:A 및 A:A, intron_variant 이형 접합체에 대한 승산비 1.7
LZTFL1 rs35624553 *LD with rs11385942 3 45867440 A G 위험 유전자형 G:A 및 G:G, intron_variant 이형 접합체에 대한 승산비 1.7
LZTFL1 rs71325088 *LD with rs11385942 3 45862952 T C 위험 유전자형 C:T 및 C:C, intron_variant 이형 접합체에 대한 승산비 1.7
ABO rs657152 9 136139265 A C or T 위험 대립 유전자 intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
Intergenic rs5798227 12 53120100 C - 위험 대립 유전자는 삭제입니다. p = 2.2x10-7 Blokland et al., 2020;
IGHV3-7 rs11844522 14 106522576 C T 민감한 변형 T:T, C:T p=1.9x10-7
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) rs73166864 22 23340580 T C or G 민감한 변형 T:T 및 T:C odds ratio 1.7 Roberts., 2020;
TLR7 rs200553089 ChrX 12906010 G T 위험 유전자형 T:G 및 T:T, missense_variant Made et al., 2020;
ACE2에 위치한 동의어 SNP
ACE2 rs373153165 chrX 15580093 C T or A missense_variant p.Asp785Asn/c.2353G>A Cao et al., 2020
ACE2 rs140016715 chrX 15582154 G A missense_variant p.Arg768Trp/c.2302C>T
ACE2 rs147311723 chrX 15582265 G A missense_variant p.Leu731Phe/c.2191C>T
ACE2 rs41303171 chrX 15582298 T C missense_variant p.Asn720Asp/c.2158A>G
ACE2 rs370187012 chrX 15582327 C T missense_variant p.Arg710His/c.2129G>A
ACE2 rs776995986 chrX 15582334 G A missense_variant p.Arg708Trp/c.2122C>T
ACE2 rs149039346 chrX 15584416 A G missense_variant p.Ser692Pro/c.2074T>C
ACE2 rs200180615 chrX 15584488 C T missense_variant p.Glu668Lys/c.2002G>A
ACE2 *rs199951323 chrX 15585879 A C stop_gained p.Leu656*/c.1967T>G
ACE2 rs183135788 chrX 15585933 T C missense_variant p.Asn638Ser/c.1913A>G
ACE2 rs748163894 chrX 15588434 G A missense_variant
ACE2 rs202137736 chrX 15591485 T C splice_region_variant+intron_variant c.1541+5A>G
ACE2 rs140473595 chrX 15591530 C T missense_variant p.Ala501Thr/c.1501G>A
ACE2 rs191860450 chrX 15593829 T C missense_variant p.Ile468Val/c.1402A>G
ACE2 rs758142853 chrX 15609868 A G missense_variant p.Val184Ala/c.551T>C
ACE2 rs754511501 chrX 15609902 C T missense_variant p.Gly173Ser/c.517G>A
ACE2 rs746034076 chrX 15609943 T C missense_variant p.Asn159Ser/c.476A>G
ACE2 rs373252182 chrX 15609973 T C missense_variant p.Asn149Ser/c.446A>G
ACE2 rs2285666 chrX 15610348 C T splice_region_variant+intron_variant c.439+4G>A
ACE2 rs768736934 chrX 15612963 C T splice_region_variant+intron_variant c.345+5G>A
ACE2 rs4646116 chrX 15618958 T C missense_variant p.Lys26Arg/c.77A>G
ACE2 rs73635825 chrX 15618980 A G missense_variant p.Ser19Pro/c.55T>C
SARS와 관련된 SNP
CD209 rs4804803 19 7812733 A G 감수성 유전자형 A:A, upstream_transcript_variant NC_000019.10:7747846 Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010

주의해야 할 흥미로운 관찰 중 하나는 ACE2 유전자가 다음 위치에 있다는 것입니다.X 염색체, 남자는 단 하나의 사본만 상속받을 수 있음을 의미합니다.이 유전자. 에 의해 제공되는 추가적인 다양성 암컷은 두 번째 X에 있는 ACE2 유전자의 두 번째 사본염색체는 부분적으로 여성이 적은 이유를 설명하는 데 도움이 될 수 있습니다. 코로나19에 취약


3단계) ​​귀하의 유전자형/SNP를 추가 연구 결과와 비교

이와 관련된 정보를 설명하는 풍부한 리소스가 있습니다.SNP 체크아웃 dbSNP 및 SNPedia


dbSNP

dbSNP 포함 인간 싱글 뉴클레오티드 변이, 미세위성 및 소규모 삽입 및 삭제와 함께 출판, 인구 빈도, 분자 결과 및 에 대한 게놈 및 RefSeq 매핑 정보 둘 다 공통 변이 및 임상 돌연변이.


SNPpedia

SNPedia는 위키입니다 인간 유전학 조사. 그들은 공유 DNA 변이의 영향에 대한 정보, 인용 동료 심사 과학 출판물. 그것은 Promethease에서 개인 보고서를 만드는 데 사용 연결 중 공개된 정보에 대한 DNA 변이그들에 대해.



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