covid-19 恢复力的基因:识别相应的 DNA 标记 抗冠状病毒和敏感性

Dr. Timothy Sexton

Coronavirus_Genetic_Markers


冠状病毒 (CoVs)(Nidovirales 目,Coronaviridae科我>, 亚科 Coronavirinae) 负责用于许多呼吸道疾病的爆发 脊椎动物物种。 他们是单身的大家庭链 RNA 包膜病毒 (+ssRNA),可以 被隔离在 不同的动物种类。他们有基因组大小在 26 到 32 kb 之间 (kb) 长度, 作为最大的 RNA 基因组病毒(因此提高了有效性 的口罩)。 COVID-19 也称为严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2), 或 "小说 coronavirus 2019" 是一种新病毒 而我们才刚刚开始了解人类的抵抗力和敏感性。


COVID-19 类似于严重急性呼吸系统综合症 (SARS) 在尊重 这两种病毒 通过相同的方式感染他们的人类宿主受体,血管紧张素转换酶 2 (ACE2 受体), 并引起类似的临床和病理特征。 有趣的是刺突蛋白是对受体结合负责高度 之间相似 2019-nCoV 和 SARS-CoV,这是一个结果相同的重要选择 受体 (吴., 2020)。研究如何 我们的身体抵御非典的力量揭示我们的身体如何防御 covid-19。


最近的几个全基因组 关联研究 (GWAS) 提供了更深层次的 洞察 可以帮助的遗传变异解释为什么有些人实际上是 不受 影响 COVID-19,对于其他人来说,病毒是危及生命,甚至致命。

在这篇文章中,我们提供了同行评审文献的回顾和现在 关于候选基因的信息SARS-CoV 抗性。如果您在家中进行过 DNA 测试,例如 来自 23andMe, Ancestry 的那些DNA,Dante 实验室,你可以评估你的原始 DNA 数据并查看 你的 DNA 序列与你的 DNA 序列相比如何研究成果。


如何分析您的 DNA 对冠状病毒的抗性或易感性?


第 1 步)下载您的原始常染色体 DNA 文件并将其保存到安全和安全 位置

要分析您的 DNA 数据,请从 下载您的原始常染色体 DNA 并将其保存到 一个安全的位置。 这里是下载你的说明原始 DNA 文件来自: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.


步骤 2) 分析您的原始 DNA 文件


使用文本编辑器搜索您的原始 DNA 数据,例如 "text wrangler" 或"记事本" 使用"查找" 函数,或使用命令行。

打开你的原始 DNA 文件,你会 注意唯一的 SNP ID (rs# or i#), 染色体、位置和基因型。每个直接之间的格式略有不同 到消费者 DNA 测试公司。


评估你的贫困风险从 COVID-19 中恢复,看看这些 DNA 标记 描述如下:

几项全基因组关联研究 (GWAS) 最近发表了描述 相关位点 患有呼吸衰竭的患者感染了 SARS-CoV-2 和三项研究确定了 SNP 标记在相同的约 50 kb 基因组片段中, 继承自 尼安德特人 (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). 此外,这些 GWAS 研究还确定了许多其他 DNA标记 与 COVID-19 相关,并且每个 这些在下表中列出。


此外,这篇文章中涉及的其他 DNA 标记包括 rs4804803 这是 与 SARS 相关, 和那些定位在血管紧张素中的——转化酶 2 (ACE2) 受体, 被证明是 人类呼吸的相同受体冠状病毒 NL63, , SARS-冠状病毒 (SARS-CoV),和 新型冠状病毒2019-nCoV/SARS-CoV(李 等人, 2017;卢 et al., 2019). 由于秒杀冠状病毒的蛋白质已经进化到 匹配 ACE2 受体,很可能是个体具有改变蛋白质的变化 序列将导致 对covid-19有一定程度的抵抗力。 以下是来自ACE2 成绩单 NM_021804.2 和特别的 兴趣是 SNP 导致重大变化,例如rs199951323 导致过早 终止密码子。


基因 dbsnp 染色体 (GRCh37) POS REF ALT 风险等位基因 标记效果 参考
IVNS1ABP rs6668622 1 185414582 T C 男性易感变异 T:T 和 T:Cs 优势比 1.44 Roberts., 2020;
SRRM1 rs111972040 1 24999361 A G 风险基因型 G:G 和 A:G, 3_prime_UTR_variant 住院优势比 = 8.29
LZTFL1 rs35044562 3 45909024 A G 风险基因型 G:G 和 A:G, intron_variant,genic_upstream_transcript_variant odds ratio 1.60 Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo
LZTFL1 rs11385942 3 45876460 A - or A or AAA InDel, A:A and A:- 具有较高的呼吸衰竭易感性,intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
LZTFL1 rs10490770 *LD with rs11385942 3 45864732 T C 风险基因型 T:C 和 C:C, intron_variant 杂合子携带者的优势比 1.7 Zeberg and Pääbo., 2020;
LZTFL1 rs67959919 *LD with rs11385942 3 45871908 G A 风险基因型 G:A 和 A:A, intron_variant 杂合子携带者的优势比 1.7
LZTFL1 rs35624553 *LD with rs11385942 3 45867440 A G 风险基因型 G:A 和 G:G, intron_variant 杂合子携带者的优势比 1.7
LZTFL1 rs71325088 *LD with rs11385942 3 45862952 T C 风险基因型 C:T 和 C:C, intron_variant 杂合子携带者的优势比 1.7
ABO rs657152 9 136139265 A C or T 风险等位基因,intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
Intergenic rs5798227 12 53120100 C - 风险等位基因是缺失 p = 2.2x10-7 Blokland et al., 2020;
IGHV3-7 rs11844522 14 106522576 C T 易感变异 T:T, C:T p=1.9x10-7
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) rs73166864 22 23340580 T C or G 易感变异 T:T 和 T:C odds ratio 1.7 Roberts., 2020;
TLR7 rs200553089 ChrX 12906010 G T 风险基因型 T:G 和 T:T,错义变体 Made et al., 2020;
位于 ACE2 中的同义 SNP
ACE2 rs373153165 chrX 15580093 C T or A 错义变体 p.Asp785Asn/c.2353G>A Cao et al., 2020
ACE2 rs140016715 chrX 15582154 G A 错义变体 p.Arg768Trp/c.2302C>T
ACE2 rs147311723 chrX 15582265 G A 错义变体 p.Leu731Phe/c.2191C>T
ACE2 rs41303171 chrX 15582298 T C 错义变体 p.Asn720Asp/c.2158A>G
ACE2 rs370187012 chrX 15582327 C T 错义变体 p.Arg710His/c.2129G>A
ACE2 rs776995986 chrX 15582334 G A 错义变体 p.Arg708Trp/c.2122C>T
ACE2 rs149039346 chrX 15584416 A G 错义变体 p.Ser692Pro/c.2074T>C
ACE2 rs200180615 chrX 15584488 C T 错义变体 p.Glu668Lys/c.2002G>A
ACE2 *rs199951323 chrX 15585879 A C stop_gained p.Leu656*/c.1967T>G
ACE2 rs183135788 chrX 15585933 T C 错义变体 p.Asn638Ser/c.1913A>G
ACE2 rs748163894 chrX 15588434 G A 错义变体
ACE2 rs202137736 chrX 15591485 T C splice_region_variant+intron_variant c.1541+5A>G
ACE2 rs140473595 chrX 15591530 C T 错义变体 p.Ala501Thr/c.1501G>A
ACE2 rs191860450 chrX 15593829 T C 错义变体 p.Ile468Val/c.1402A>G
ACE2 rs758142853 chrX 15609868 A G 错义变体 p.Val184Ala/c.551T>C
ACE2 rs754511501 chrX 15609902 C T 错义变体 p.Gly173Ser/c.517G>A
ACE2 rs746034076 chrX 15609943 T C 错义变体 p.Asn159Ser/c.476A>G
ACE2 rs373252182 chrX 15609973 T C 错义变体 p.Asn149Ser/c.446A>G
ACE2 rs2285666 chrX 15610348 C T splice_region_variant+intron_variant c.439+4G>A
ACE2 rs768736934 chrX 15612963 C T splice_region_variant+intron_variant c.345+5G>A
ACE2 rs4646116 chrX 15618958 T C 错义变体 p.Lys26Arg/c.77A>G
ACE2 rs73635825 chrX 15618980 A G 错义变体 p.Ser19Pro/c.55T>C
与 SARS 相关的 SNP
CD209 rs4804803 19 7812733 A G 易感基因型 A:A,upstream_transcript_variant NC_000019.10:7747846 Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010

需要注意的一个有趣的观察是 ACE2 基因位于X染色体, 意思是男人只会继承一份这个基因。由 提供的额外多样性女性第 2 个 X 上 ACE2 基因的第 2 个副本染色体可以部分帮助解释为什么女性更少 易感染covid-19。


步骤 3) 将您的基因型/SNP 与其他研究结果进行比较

有大量资源描述与此相关的信息SNP 签出 dbSNP 和 SNPedia


dbSNP

dbSNP 包含 人类单身 核苷酸变异、微卫星和小规模插入和删除以及 发布, 人口频率,分子后果,和 的基因组和 RefSeq 映射信息 都通用 变异和临床突变。


SNPpedia

SNPedia 是一个 wiki 调查人类遗传学。他们分享关于 DNA 变异影响的信息, 引用 经过同行评审的科学出版物。它是被 Promethease 用来创建个人报告 链接你的 已发表信息的 DNA 变异关于他们。



**如果你担心你在 DNA 结果中看到的任何东西,请和你说话 医生,或遗传学顾问




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