covid-19 恢复力的基因:识别相应的 DNA 标记 抗冠状病毒和敏感性

冠状病毒 (CoVs)(Nidovirales 目,Coronaviridae科我>,
亚科
Coronavirinae) 负责用于许多呼吸道疾病的爆发
脊椎动物物种。
他们是单身的大家庭链 RNA 包膜病毒 (+ssRNA),可以
被隔离在
不同的动物种类。他们有基因组大小在 26 到 32 kb 之间
(kb) 长度,
作为最大的 RNA 基因组病毒(因此提高了有效性
的口罩)。
COVID-19 也称为严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2),
或 "小说
coronavirus 2019" 是一种新病毒
而我们才刚刚开始了解人类的抵抗力和敏感性。
COVID-19 类似于严重急性呼吸系统综合症 (SARS) 在尊重
这两种病毒
通过相同的方式感染他们的人类宿主受体,血管紧张素转换酶 2
(ACE2 受体),
并引起类似的临床和病理特征。
有趣的是刺突蛋白是对受体结合负责高度
之间相似
2019-nCoV 和 SARS-CoV,这是一个结果相同的重要选择
受体 (吴.,
2020)。研究如何
我们的身体抵御非典的力量揭示我们的身体如何防御
covid-19。
最近的几个全基因组 关联研究 (GWAS) 提供了更深层次的
洞察
可以帮助的遗传变异解释为什么有些人实际上是
不受 影响
COVID-19,对于其他人来说,病毒是危及生命,甚至致命。
在这篇文章中,我们提供了同行评审文献的回顾和现在 关于候选基因的信息SARS-CoV 抗性。如果您在家中进行过 DNA 测试,例如 来自 23andMe, Ancestry 的那些DNA,Dante 实验室,你可以评估你的原始 DNA 数据并查看 你的 DNA 序列与你的 DNA 序列相比如何研究成果。
如何分析您的 DNA 对冠状病毒的抗性或易感性?
第 1 步)下载您的原始常染色体 DNA 文件并将其保存到安全和安全 位置
要分析您的 DNA 数据,请从 下载您的原始常染色体 DNA 并将其保存到 一个安全的位置。 这里是下载你的说明原始 DNA 文件来自: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.
步骤 2) 分析您的原始 DNA 文件
使用文本编辑器搜索您的原始 DNA 数据,例如 "text wrangler" 或"记事本" 使用"查找" 函数,或使用命令行。
打开你的原始 DNA 文件,你会 注意唯一的 SNP ID (rs# or i#), 染色体、位置和基因型。每个直接之间的格式略有不同 到消费者 DNA 测试公司。
评估你的贫困风险从 COVID-19 中恢复,看看这些 DNA 标记 描述如下:
几项全基因组关联研究 (GWAS) 最近发表了描述 相关位点 患有呼吸衰竭的患者感染了 SARS-CoV-2 和三项研究确定了 SNP 标记在相同的约 50 kb 基因组片段中, 继承自 尼安德特人 (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). 此外,这些 GWAS 研究还确定了许多其他 DNA标记 与 COVID-19 相关,并且每个 这些在下表中列出。
此外,这篇文章中涉及的其他 DNA 标记包括 rs4804803 这是 与 SARS 相关, 和那些定位在血管紧张素中的——转化酶 2 (ACE2) 受体, 被证明是 人类呼吸的相同受体冠状病毒 NL63, , SARS-冠状病毒 (SARS-CoV),和 新型冠状病毒2019-nCoV/SARS-CoV(李 等人, 2017;卢 et al., 2019). 由于秒杀冠状病毒的蛋白质已经进化到 匹配 ACE2 受体,很可能是个体具有改变蛋白质的变化 序列将导致 对covid-19有一定程度的抵抗力。 以下是来自ACE2 成绩单 NM_021804.2 和特别的 兴趣是 SNP 导致重大变化,例如rs199951323 导致过早 终止密码子。
基因 | dbsnp | 染色体 (GRCh37) | POS | REF | ALT | 风险等位基因 | 标记效果 | 参考 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
IVNS1ABP | rs6668622 | 1 | 185414582 | T | C | 男性易感变异 T:T 和 T:Cs | 优势比 1.44 | Roberts., 2020; |
SRRM1 | rs111972040 | 1 | 24999361 | A | G | 风险基因型 G:G 和 A:G, 3_prime_UTR_variant | 住院优势比 = 8.29 | |
LZTFL1 | rs35044562 | 3 | 45909024 | A | G | 风险基因型 G:G 和 A:G, intron_variant,genic_upstream_transcript_variant | odds ratio 1.60 | Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo |
LZTFL1 | rs11385942 | 3 | 45876460 | A | - or A or AAA | InDel, A:A and A:- 具有较高的呼吸衰竭易感性,intron_variant | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
LZTFL1 | rs10490770 *LD with rs11385942 | 3 | 45864732 | T | C | 风险基因型 T:C 和 C:C, intron_variant | 杂合子携带者的优势比 1.7 | Zeberg and Pääbo., 2020; |
LZTFL1 | rs67959919 *LD with rs11385942 | 3 | 45871908 | G | A | 风险基因型 G:A 和 A:A, intron_variant | 杂合子携带者的优势比 1.7 | |
LZTFL1 | rs35624553 *LD with rs11385942 | 3 | 45867440 | A | G | 风险基因型 G:A 和 G:G, intron_variant | 杂合子携带者的优势比 1.7 | |
LZTFL1 | rs71325088 *LD with rs11385942 | 3 | 45862952 | T | C | 风险基因型 C:T 和 C:C, intron_variant | 杂合子携带者的优势比 1.7 | |
ABO | rs657152 | 9 | 136139265 | A | C or T | 风险等位基因,intron_variant | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
Intergenic | rs5798227 | 12 | 53120100 | C | - | 风险等位基因是缺失 | p = 2.2x10-7 | Blokland et al., 2020; |
IGHV3-7 | rs11844522 | 14 | 106522576 | C | T | 易感变异 T:T, C:T | p=1.9x10-7 | |
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) | rs73166864 | 22 | 23340580 | T | C or G | 易感变异 T:T 和 T:C | odds ratio 1.7 | Roberts., 2020; |
TLR7 | rs200553089 | ChrX | 12906010 | G | T | 风险基因型 T:G 和 T:T,错义变体 | Made et al., 2020; | |
位于 ACE2 中的同义 SNP | ||||||||
ACE2 | rs373153165 | chrX | 15580093 | C | T or A | 错义变体 | p.Asp785Asn/c.2353G>A | Cao et al., 2020 |
ACE2 | rs140016715 | chrX | 15582154 | G | A | 错义变体 | p.Arg768Trp/c.2302C>T | |
ACE2 | rs147311723 | chrX | 15582265 | G | A | 错义变体 | p.Leu731Phe/c.2191C>T | |
ACE2 | rs41303171 | chrX | 15582298 | T | C | 错义变体 | p.Asn720Asp/c.2158A>G | |
ACE2 | rs370187012 | chrX | 15582327 | C | T | 错义变体 | p.Arg710His/c.2129G>A | |
ACE2 | rs776995986 | chrX | 15582334 | G | A | 错义变体 | p.Arg708Trp/c.2122C>T | |
ACE2 | rs149039346 | chrX | 15584416 | A | G | 错义变体 | p.Ser692Pro/c.2074T>C | |
ACE2 | rs200180615 | chrX | 15584488 | C | T | 错义变体 | p.Glu668Lys/c.2002G>A | |
ACE2 | * |
chrX | 15585879 | A | C | stop_gained | p.Leu656*/c.1967T>G | |
ACE2 | rs183135788 | chrX | 15585933 | T | C | 错义变体 | p.Asn638Ser/c.1913A>G | |
ACE2 | rs748163894 | chrX | 15588434 | G | A | 错义变体 | ||
ACE2 | rs202137736 | chrX | 15591485 | T | C | splice_region_variant+intron_variant | c.1541+5A>G | |
ACE2 | rs140473595 | chrX | 15591530 | C | T | 错义变体 | p.Ala501Thr/c.1501G>A | |
ACE2 | rs191860450 | chrX | 15593829 | T | C | 错义变体 | p.Ile468Val/c.1402A>G | |
ACE2 | rs758142853 | chrX | 15609868 | A | G | 错义变体 | p.Val184Ala/c.551T>C | |
ACE2 | rs754511501 | chrX | 15609902 | C | T | 错义变体 | p.Gly173Ser/c.517G>A | |
ACE2 | rs746034076 | chrX | 15609943 | T | C | 错义变体 | p.Asn159Ser/c.476A>G | |
ACE2 | rs373252182 | chrX | 15609973 | T | C | 错义变体 | p.Asn149Ser/c.446A>G | |
ACE2 | rs2285666 | chrX | 15610348 | C | T | splice_region_variant+intron_variant | c.439+4G>A | |
ACE2 | rs768736934 | chrX | 15612963 | C | T | splice_region_variant+intron_variant | c.345+5G>A | |
ACE2 | rs4646116 | chrX | 15618958 | T | C | 错义变体 | p.Lys26Arg/c.77A>G | |
ACE2 | rs73635825 | chrX | 15618980 | A | G | 错义变体 | p.Ser19Pro/c.55T>C | |
与 SARS 相关的 SNP | ||||||||
CD209 | rs4804803 | 19 | 7812733 | A | G | 易感基因型 A:A,upstream_transcript_variant | NC_000019.10:7747846 | Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010 |