Genes para la resiliencia ante el covid-19: identificación de los marcadores de ADN correspondientes a la resistencia al coronavirus y susceptibilidad

Dr. Timothy Sexton

Coronavirus_Genetic_Markers


Coronavirus (CoVs) (orden Nidovirales, familia Coronaviridae, subfamilia Coronavirinae) son los responsablespara brotes de enfermedades respiratorias en muchos especies de vertebrados. Son una gran familia de solteros-virus con envoltura de ARN hebra (+ssRNA) que pueden estar aislado en diferentes especies animales. Tienen tamaños del genoma que oscilan entre 26 y 32 kilobases (kb) de longitud, siendo los genomas más grandes para el ARN virus (lo que aumenta la eficacia de mascarillas). COVID-19 también conocido como agudo gravesíndrome respiratorio coronavirus 2 (SARS-CoV-2), o "novela coronavirus 2019" es un virus nuevo y apenas estamos empezando a entenderresistencia y susceptibilidad en humanos.


COVID-19 es similar al síndrome respiratorio agudo severo (SARS) en el respeto que ambos virus infectar a sus anfitriones humanos a través de la misma receptor, la enzima convertidora de angiotensina 2 (receptor ACE2), y causa clínica similar y características patológicas. Curiosamente, la proteína de pico que esresponsable de la unión al receptor es altamente similar entre 2019-nCoV y SARS-CoV, este es un resultadode selección significativa para el mismo receptor (Wu., 2020). Investiga cómo nuestros cuerpos se defienden contra el SARS podríarevelar cómo nuestros cuerpos podrían defenderse contra covid-19.


Varios Genoma amplio reciente Los estudios de asociación (GWAS) han proporcionado una visión mucho más profunda conocimiento de las variaciones genéticas que pueden ayudar a explicar por qué algunas personas son virtualmente no afectado por COVID-19, y para otros el virus espeligrosa para la vida o incluso fatal.

En esta publicación, proporcionamos una revisión de la literatura revisada por pares y presente información sobre genes candidatos para Resistencia al SARS-CoV. Si te has hecho una prueba de ADN casera como los disponibles de 23andMe, Ancestry ADN, laboratorios Dante, puede evaluar sus datos de ADN sin procesar y ver cómo se compara su secuencia de ADN con la resultados de la investigación.


Cómo analizar su ADN para detectar resistencia o susceptibilidad al coronavirus?


Paso 1) Descargue su archivo de ADN autosómico sin procesar y guárdelo en un lugar seguro y seguro ubicación

Para analizar sus datos de ADN, comience por descargando su ADN autosómico sin procesar y guárdelo en un lugar seguro. Aquí hay instrucciones para descargar su archivo de ADN sin procesar de: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.


Paso 2) Analice su archivo de ADN sin procesar


Busque sus datos de ADN sin procesar usando un editor de texto como "text wrangler" o "bloc de notas" usando "buscar" función, o usando la línea de comando.

Abra su archivo de ADN sin procesar y lo hará Observe los encabezados de ID SNP único (rs# o i#), cromosoma, posición y genotipo. El los formatos difieren ligeramente entre cada directo al ADN del consumidor empresa de pruebas.


Para evaluar su riesgo de pobre recuperación del COVID-19 echa un vistazo a estos Marcadores de ADN descrito a continuación:

Estudio de asociación de varios genomas(GWAS) se publicaron recientemente que describen loci asociados con insuficiencia respiratoria en pacientesinfectado con SARS-CoV-2 y tres estudios identificaron marcadores SNP en el mismo segmento genómico de ~50 kb que es heredado de Neandertales (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). Además, estos estudios GWAS también identificaron una serie de otros ADNmarcadores que están asociados con COVID-19, y cada de estos se presentan en la siguiente tabla.


Además, otros marcadores de ADN cubiertos en esta publicación incluyen rs4804803 que fue asociado con el SARS, y los colocados en la angiotensina-receptor de la enzima convertidora-2 (ACE2) que se demostró que era el mismo receptor para el respiratorio humanocoronavirus NL63, SARS-coronavirus (SARS-CoV), y el nuevo coronavirus 2019-nCoV/SARS-CoV (Li y otros, 2017; Lu et al., 2019). Desde el pico la proteína del coronavirus ha evolucionado a coincide con el ACE2 receptor, es probable que los individuos con variaciones que alteran la proteína la secuencia daría como resultado un grado de resistencia al covid-19. A continuación se muestran los SNP no sinónimos de Transcripción ACE2 NM_021804.2 y de particular interés son SNPs que causan cambios importantes como rs199951323 lo que resulta en un prematuro codón de parada.


Gene dbsnp Cromosoma (GRCh37) POS REF ALT Alelos de riesgo Efecto de marcador Referencia
IVNS1ABP rs6668622 1 185414582 T C Susceptibile Variante T:T y T:C en machos razón de probabilidades 1.44 Roberts., 2020;
SRRM1 rs111972040 1 24999361 A G genotipos de riesgo G:G y A:G, 3_prime_UTR_variant razón de probabilidades de hospitalización = 8,29
LZTFL1 rs35044562 3 45909024 A G genotipos de riesgo G:G y A:G, intron_variant,genic_upstream_transcript_variant odds ratio 1.60 Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo
LZTFL1 rs11385942 3 45876460 A - or A or AAA InDel, A:A and A:- tienen una mayor susceptibilidad a la insuficiencia respiratoria, intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
LZTFL1 rs10490770 *LD with rs11385942 3 45864732 T C genotipos de riesgo T:C y C:C, intron_variant razón de probabilidades para portadores heterocigóticos 1,7 Zeberg and Pääbo., 2020;
LZTFL1 rs67959919 *LD with rs11385942 3 45871908 G A genotipos de riesgo G:A y A:A, intron_variant razón de probabilidades para portadores heterocigóticos 1,7
LZTFL1 rs35624553 *LD with rs11385942 3 45867440 A G genotipos de riesgo G:A y G:G, intron_variant razón de probabilidades para portadores heterocigóticos 1,7
LZTFL1 rs71325088 *LD with rs11385942 3 45862952 T C genotipos de riesgo C:T y C:C, intron_variant razón de probabilidades para portadores heterocigóticos 1,7
ABO rs657152 9 136139265 A C or T Un alelo de riesgo, intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
Intergenic rs5798227 12 53120100 C - El alelo de riesgo es la deleción p = 2.2x10-7 Blokland et al., 2020;
IGHV3-7 rs11844522 14 106522576 C T Variaciones susceptibles T:T, C:T p=1.9x10-7
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) rs73166864 22 23340580 T C or G Variaciones susceptibles T:T, T:C odds ratio 1.7 Roberts., 2020;
TLR7 rs200553089 ChrX 12906010 G T genotipos de riesgo T:G y T:T, missense_variant Made et al., 2020;
SNP sinónimos posicionados en ACE2
ACE2 rs373153165 chrX 15580093 C T or A missense_variant p.Asp785Asn/c.2353G>A Cao et al., 2020
ACE2 rs140016715 chrX 15582154 G A missense_variant p.Arg768Trp/c.2302C>T
ACE2 rs147311723 chrX 15582265 G A missense_variant p.Leu731Phe/c.2191C>T
ACE2 rs41303171 chrX 15582298 T C missense_variant p.Asn720Asp/c.2158A>G
ACE2 rs370187012 chrX 15582327 C T missense_variant p.Arg710His/c.2129G>A
ACE2 rs776995986 chrX 15582334 G A missense_variant p.Arg708Trp/c.2122C>T
ACE2 rs149039346 chrX 15584416 A G missense_variant p.Ser692Pro/c.2074T>C
ACE2 rs200180615 chrX 15584488 C T missense_variant p.Glu668Lys/c.2002G>A
ACE2 *rs199951323 chrX 15585879 A C stop_gained p.Leu656*/c.1967T>G
ACE2 rs183135788 chrX 15585933 T C missense_variant p.Asn638Ser/c.1913A>G
ACE2 rs748163894 chrX 15588434 G A missense_variant
ACE2 rs202137736 chrX 15591485 T C variante_región_empalme+variante_intrón c.1541+5A>G
ACE2 rs140473595 chrX 15591530 C T missense_variant p.Ala501Thr/c.1501G>A
ACE2 rs191860450 chrX 15593829 T C missense_variant p.Ile468Val/c.1402A>G
ACE2 rs758142853 chrX 15609868 A G missense_variant p.Val184Ala/c.551T>C
ACE2 rs754511501 chrX 15609902 C T missense_variant p.Gly173Ser/c.517G>A
ACE2 rs746034076 chrX 15609943 T C missense_variant p.Asn159Ser/c.476A>G
ACE2 rs373252182 chrX 15609973 T C missense_variant p.Asn149Ser/c.446A>G
ACE2 rs2285666 chrX 15610348 C T variante_región_empalme+variante_intrón c.439+4G>A
ACE2 rs768736934 chrX 15612963 C T variante_región_empalme+variante_intrón c.345+5G>A
ACE2 rs4646116 chrX 15618958 T C missense_variant p.Lys26Arg/c.77A>G
ACE2 rs73635825 chrX 15618980 A G missense_variant p.Ser19Pro/c.55T>C
SNPs asociadas con el SRAS
CD209 rs4804803 19 7812733 A G Genotipo susceptible A:A, upstream_transcript_variant NC_000019.10:7747846 Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010

Una observación interesante a tener en cuenta es que el gen ACE2 está posicionado en el cromosoma X, lo que significa que los hombres solo heredarán una copia de este gen. La diversidad adicional proporcionada por el mujeres segunda copia del gen ACE2 en su segunda XEl cromosoma podría ayudar en parte a explicar por qué las mujeres son menos susceptible al covid-19.


Paso 3) Compare su genotipo/SNP con hallazgos de investigaciones adicionales

Hay una gran cantidad de recursos que describen información relacionada con estoConsultar SNP dbSNP y SNPedia


dbSNP

dbSNP contiene soltero humano variaciones de nucleótidos, microsatélites y inserciones y eliminaciones a pequeña escala junto con publicación, frecuencia de población, consecuencia molecular y información de mapeo genómico y RefSeq para ambos comunes variaciones y mutaciones clínicas.


SNPpedia

SNPedia es una wiki investigando la genética humana. Comparten información sobre los efectos de las variaciones en el ADN, citando Publicaciones científicas revisadas por pares. Es utilizado por Promethease para crear un informe personal vinculando tu Variaciones de ADN a la información publicadaa cerca de ellos.



**Si le preocupa algo que vea en sus resultados de ADN, por favorhabla con tu médico, o un consejero de genética




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