Genes para la resistencia al covid-19: identificación de marcadores de ADN correspondientes a la resistencia y susceptibilidad al coronavirus

Dr. Timothy Sexton

Coronavirus Genetic Markers: An Overview of Their Role in Diagnosis and Treatment.


Los coronavirus (CoV) (orden Nidovirales, familia Coronaviridae, subfamilia Coronavirinae) son responsables de brotes de enfermedades respiratorias en muchas especies de vertebrados. Son una gran familia de virus envueltos de ARN de cadena sencilla (+ssRNA) que se pueden aislar en diferentes especies animales. Tienen tamaños de genoma que van desde 26 a 32 kilobases (kb) de longitud, siendo los genomas más grandes para los virus de ARN (consecuentemente aumentando la eficacia de las mascarillas). COVID-19 también conocido como síndrome respiratorio agudo grave coronavirus 2 (SARS-CoV-2), o "nuevo coronavirus 2019" es un nuevo virus y acabamos de empezar a entender la resistencia y la susceptibilidad en los humanos.


COVID-19 es similar al síndrome respiratorio agudo grave (SARS) en el sentido de que ambos virus infectan a sus huéspedes humanos a través del mismo receptor, el enzima convertidor de angiotensina 2 (receptor ACE2), y causan características clínicas y patológicas similares. Curiosamente, la proteína espiga que es responsable de la unión al receptor es muy similar entre 2019-nCoV y SARS-CoV, lo que es resultado de una selección significativa para el mismo receptor (Wu., 2020). La investigación sobre cómo nuestros cuerpos se defienden contra el SARS podría revelar cómo nuestros cuerpos podrían defenderse contra el covid-19. Varios estudios de asociación genómica amplia (GWAS) recientes han proporcionado una comprensión mucho más profunda de las variaciones genéticas que pueden ayudar a explicar por qué algunas personas están prácticamente afectadas por COVID-19, y para otros el virus es una amenaza para la vida o incluso fatal.

En este post, proporcionamos una revisión de la literatura revisada por pares e información sobre los genes candidatos para la resistencia a SARS-CoV. Si ha realizado una prueba de ADN en el hogar como las disponibles de 23andMe, Ancestry DNA, Dante labs, puede evaluar sus datos de ADN crudos y ver cómo su secuencia de ADN se compara con los hallazgos de la investigación.


¿Cómo analizar tu ADN para resistencia o susceptibilidad al coronavirus?


Paso 1) Descargue su archivo de ADN autosómico crudo y guárdelo en un lugar seguro y seguro

Para analizar sus datos de ADN, comience descargando su ADN crudo y guárdelo en un lugar seguro. Aquí hay instrucciones para descargar su archivo de ADN crudo de: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.


Paso 2) Analiza tu archivo de ADN crudo


Busque su datos de ADN crudo usando un editor de texto como "text wrangler" o "notepad" usando la función "buscar" o usando la línea de comandos.

Abra su archivo de ADN crudo y notará los encabezados de SNP ID (rs# o i#) únicos, cromosoma, posición y genotipo. Los formatos difieren ligeramente entre cada compañía de pruebas de ADN al consumidor directo.


Para evaluar su riesgo de una mala recuperación de la COVID-19, busque estos marcadores de ADN descritos a continuación:

Recientemente se publicaron varios Estudios de Asociación Genómica (GWAS) que describen loci asociados con la falla respiratoria en pacientes infectados con SARS-CoV-2 y tres estudios identificaron marcadores SNP en el mismo segmento genómico de ~50 kb que se hereda de Neandertales. (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). Además, estos estudios GWAS también identificaron una serie de otros marcadores de ADN asociados con COVID-19, y cada uno de ellos se presenta en la tabla a continuación.


Además, otros marcadores de ADN cubiertos en este artículo incluyen rs4804803, que se asoció con SARS, y aquellos ubicados en el receptor de la enzima convertidora de angiotensina-2 (ACE2), que se demostró que era el mismo receptor para el coronavirus respiratorio humano NL63, SARS-coronavirus (SARS-CoV) y el nuevo coronavirus 2019-nCoV / SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Dado que la proteína de espiga del coronavirus ha evolucionado para adaptarse al receptor ACE2, es probable que las personas con variaciones que alteran la secuencia de proteínas presenten un grado de resistencia a la covid-19. A continuación se muestran los SNPs no sinónimos del transcripto ACE2 NM_021804.2 y, en particular, los SNPs que causan cambios importantes como rs199951323, que resulta en un codón de parada prematuro.


Gene" Gene dbsnp Cromosoma (GRCh37) POS REF ALT Alelos de Riesgo Efecto de marcador Referencia
IVNS1ABP rs6668622 1 185414582 T C Variante susceptible T:T y T:C en hombress Relación de probabilidades 1.44 Roberts., 2020;
SRRM1 rs111972040 1 24999361 A G Los genotipos de riesgo G:G y A:G, variante de 3_prime_UTR. Razón de probabilidades para hospitalización = 8.29
LZTFL1 rs35044562 3 45909024 A G Genotipos de riesgo G:G y A:G, variante intronal, variante transcripcional upstream génica. odds ratio 1.60 Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo
LZTFL1 rs11385942 3 45876460 A - or A or AAA InDel, A:A and A:- Tienen mayor susceptibilidad a la insuficiencia respiratoria, variante intronal. odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
LZTFL1 rs10490770 *LD with rs11385942 3 45864732 T C Los genotipos de riesgo T:C y C:C, variante intronal. Razón de probabilidades para portadores heterocigotos 1.7 Zeberg and Pääbo., 2020;
LZTFL1 rs67959919 *LD with rs11385942 3 45871908 G A Los genotipos de riesgo G:A y A:A, variante intronal. Razón de probabilidades para portadores heterocigotos 1.7
LZTFL1 rs35624553 *LD with rs11385942 3 45867440 A G Los genotipos de riesgo G:A y G:G, variante intronal. Razón de probabilidades para portadores heterocigotos 1.7
LZTFL1 rs71325088 *LD with rs11385942 3 45862952 T C Los genotipos de riesgo C:T y C:C, variante intronal. Razón de probabilidades para portadores heterocigotos 1.7
ABO rs657152 9 136139265 A C or T Una alelo de riesgo, variante intronal odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
Intergenic rs5798227 12 53120100 C - El alelo de riesgo es la eliminación p = 2.2x10-7 Blokland et al., 2020;
IGHV3-7 rs11844522 14 106522576 C T Variaciones susceptibles T:T, C:T p=1.9x10-7
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) rs73166864 22 23340580 T C or G Variaciones susceptibles T:T y T:C odds ratio 1.7 Roberts., 2020;
TLR7 rs200553089 ChrX 12906010 G T Los genotipos de riesgo T:G y T:T, variante de sentido literal. Made et al., 2020;
SNPs sinónimos ubicados en ACE2
ACE2 rs373153165 chrX 15580093 C T or A Variante missense p.Asp785Asn/c.2353G>A Cao et al., 2020
ACE2 rs140016715 chrX 15582154 G A Variante missense p.Arg768Trp/c.2302C>T
ACE2 rs147311723 chrX 15582265 G A Variante missense p.Leu731Phe/c.2191C>T
ACE2 rs41303171 chrX 15582298 T C Variante missense p.Asn720Asp/c.2158A>G
ACE2 rs370187012 chrX 15582327 C T Variante missense p.Arg710His/c.2129G>A
ACE2 rs776995986 chrX 15582334 G A Variante missense p.Arg708Trp/c.2122C>T
ACE2 rs149039346 chrX 15584416 A G Variante missense p.Ser692Pro/c.2074T>C
ACE2 rs200180615 chrX 15584488 C T Variante missense p.Glu668Lys/c.2002G>A
ACE2 *rs199951323 chrX 15585879 A C stop_gained p.Leu656*/c.1967T>G
ACE2 rs183135788 chrX 15585933 T C Variante missense p.Asn638Ser/c.1913A>G
ACE2 rs748163894 chrX 15588434 G A Variante missense
ACE2 rs202137736 chrX 15591485 T C Variante de región de splice + variante de intron. c.1541+5A>G
ACE2 rs140473595 chrX 15591530 C T Variante missense p.Ala501Thr/c.1501G>A
ACE2 rs191860450 chrX 15593829 T C Variante missense p.Ile468Val/c.1402A>G
ACE2 rs758142853 chrX 15609868 A G Variante missense p.Val184Ala/c.551T>C
ACE2 rs754511501 chrX 15609902 C T Variante missense p.Gly173Ser/c.517G>A
ACE2 rs746034076 chrX 15609943 T C Variante missense p.Asn159Ser/c.476A>G
ACE2 rs373252182 chrX 15609973 T C Variante missense p.Asn149Ser/c.446A>G
ACE2 rs2285666 chrX 15610348 C T Variante de región de splice + variante de intron. c.439+4G>A
ACE2 rs768736934 chrX 15612963 C T Variante de región de splice + variante de intron. c.345+5G>A
ACE2 rs4646116 chrX 15618958 T C Variante missense p.Lys26Arg/c.77A>G
ACE2 rs73635825 chrX 15618980 A G Variante missense p.Ser19Pro/c.55T>C
SNPs asociados con SARS
CD209 rs4804803 19 7812733 A G Genotipo susceptible A:A, variante de transcripto upstream. NC_000019.10:7747846 Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010


Una observación interesante que hay que tener en cuenta es que el gen ACE2 está ubicado en el cromosoma X, lo que significa que los hombres solo heredarán una copia de este gen. La diversidad adicional proporcionada por la segunda copia del gen ACE2 de las mujeres en su segundo cromosoma X podría explicar en parte por qué las mujeres son menos susceptibles al covid-19".


Paso 3) Compara tu genotipo/SNPs con los resultados de investigación adicionales.

Existen una gran cantidad de recursos que describen información relacionada con este SNP, echa un vistazo a dbSNP y SNPedia.


dbSNP

dbSNP contiene variaciones de un solo nucleótido humano, microsatélites y pequeñas inserciones y eliminaciones, junto con publicaciones, frecuencia de población, consecuencias moleculares y mapeo genómico y de RefSeq para variaciones comunes y mutaciones clínicas.


SNPpedia

SNPedia es una wiki que investiga la genética humana. Comparten información sobre los efectos de las variaciones en el ADN, citando publicaciones científicas revisadas por pares. Se utiliza por Promethease para crear un informe personal que vincula sus variaciones de ADN con la información publicada sobre ellas.



**Si tiene alguna preocupación sobre algo que vea en sus resultados de ADN, hable con su médico o con un consejero genético.




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